非法占用基本农田修建农村住宅主要由县级自然资源部门管辖。详细分析如下：

1. 县级自然资源部门的主要职责：

   • 负责土地资源和城乡规划管理，对非法占用基本农田修建农村住宅的行为进行查处。
   • 依据《中华人民共和国土地管理法》等法规，对违反土地管理法律、法规的行为进行监督检查，并有权责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占地上新建的建筑物和其他设施。
   • 在本案例中，非法占用基本农田修建住宅明显违反了土地管理法规，因此县级自然资源部门是主要的执法主体。

2. 相关法律依据：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人不得侵占、买卖或者以其他形式非法转让土地。非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。

3. 综合说明与行动建议：

   • 非法占用基本农田修建农村住宅是严重的违法行为，不仅损害了国家的土地资源，也影响了农村的土地利用秩序。
   • 我建议，若发现此类违法行为，应立即向当地县级自然资源部门进行举报，由其依法进行查处。
   • 同时，也建议相关部门加强土地管理法规的宣传和教育，提高农民的土地法律意识，从源头上预防非法占用基本农田的行为发生。

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