农村村民未经批准非法占用土地建厂房，将由县级以上人民政府自然资源主管部门和乡、镇人民政府进行处罚。具体来说，处罚措施和流程如下：
一、处罚主体及措施
县级以上人民政府自然资源主管部门：
- 责令停止违法行为：一旦发现非法占地建房行为，自然资源主管部门有权立即责令违法当事人停止建设活动。
- 限期拆除与恢复土地原状：对于违反土地利用总体规划，擅自将农用地改为建设用地的行为，责令限期拆除新建建筑物，并恢复土地原状。
- 没收与罚款：若非法占地建房符合土地利用总体规划，则没收新建建筑物，并可处以罚款，罚款额为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。
- 退还非法占用土地：责令当事人退还非法占用的土地。
乡、镇人民政府：
- 对于未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行建设的行为，乡、镇人民政府有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除违法建筑。
二、司法机关介入情况
- 若非法占用耕地、林地等农用地，改变土地用途且数量较大，造成大量毁坏的，可能触犯《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪，面临五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金的刑事处罚。
三、处理流程
- 立案：政府自然资源主管部门或乡、镇人民政府在发现或接到举报后，决定是否立案查处。
- 调查取证：通过询问、现场勘测等方式收集证据，确定违法行为的性质、情节和后果。
- 作出处罚决定：依据相关法律法规作出行政处罚决定，并送达当事人。处罚决定中应载明处罚的事实、理由、依据以及当事人的权利。
- 执行处罚决定：当事人在规定期限内履行处罚决定。若拒不履行，可采取加处罚款、申请法院强制执行等措施。
四、法律后果与建议
- 法律后果：非法占用土地建厂房不仅可能面临行政处罚，如责令改正、限期拆除、恢复土地原状、罚款等，还可能面临刑事处罚，尤其是当行为达到刑法规定的“数量较大”且“造成耕地大量毁坏”的标准时。
- 建议：为了避免不必要的法律风险和损失，建议农村村民在进行任何建设活动前，务必依法办理相关审批手续，确保土地用途的合法性和合规性。若已存在非法占地建房的行为，应尽快与相关部门沟通，寻求合法合规的解决方案。
在实际操作中，每个案件的具体情况可能有所不同，因此处罚措施和流程也可能有所调整。如果您或您身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。