针对您提出的“违法占用农用土地建厂怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、违法行为的认定
未经批准占用农村耕地或其他农用土地建厂，是明确的违法行为。这种行为违反了《土地管理法》中关于土地用途管制和农用地转为建设用地的严格规定。
二、处罚措施及法律依据
责令停止与限期拆除：
- 自然资源主管部门在发现或接到举报后，会立即展开调查，并确认违法事实。
- 一旦确认违法，将下达《责令停止违法行为通知书》，要求立即停止建设。
- 依据《土地管理法》第七十七条，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
罚款处罚：
- 根据《土地管理法》及其实施条例，对非法占用土地的单位和个人，将处以每平方米100元以上1000元以下的罚款。
- 罚款金额根据非法占用土地的面积和情节严重程度确定。
恢复种植条件与土地复垦：
- 被破坏的耕地需按照相关标准进行复垦，以恢复其种植条件。
- 复垦义务人应编制土地复垦方案并按规定执行。若未履行复垦义务，将面临限期改正、缴纳复垦费及可能的罚款。
没收违法所得与建筑物：
- 在某些情况下，如符合土地利用总体规划的非法建筑物和其他设施，相关部门可以予以没收，并可并处罚款。
- 如果违法占地行为产生了非法所得，也将被依法没收。
追究刑事责任：
- 若非法占用耕地数量较大，造成耕地大量毁坏，可能触犯《刑法》第三百四十二条规定的非法占用农用地罪。
- 根据该条款，违反土地管理法规，非法占用耕地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大且造成严重后果的，将处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
三、建议与预防措施
遵守法律法规：
- 强烈建议任何单位或个人在进行建设活动前，务必了解并遵守相关法律法规，不要占用农村耕地或其他农用土地建厂。
办理审批手续：
- 如需建设工厂或其他设施，应按照法定程序申请建设用地，并获得相关部门的批准和许可。
主动接受处理：
- 对于已存在的违法情况，应立即停止违法行为，并主动接受相关部门的处理，以减轻可能的法律后果。
综上所述，违法占用农用土地建厂将面临严厉的法律制裁，包括行政处罚、刑事处罚以及经济上的损失。因此，务必增强法律意识，严格遵守土地管理法规，确保土地使用合法合规。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。