关于设施农用地进行违法建设的处罚问题，这确实是一个涉及法律条款和具体执行措施的重要议题。以下是根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规，为您提供的清晰、详细、有深度的解答：
一、未经批准擅自占用设施农业用地
处罚措施：
责令退还土地：对于未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用设施农业用地的行为，县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令退还非法占用的土地。
限期拆除与恢复：若违反土地利用总体规划，擅自将农用地改为建设用地，需限期拆除在非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，并恢复土地原状。
没收与罚款：对符合土地利用总体规划的非法建筑，将被没收；同时，可能并处非法占用土地每平方米100元以上1000元以下的罚款，具体标准由省、自治区、直辖市规定。
人员处分与刑事责任：对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，将依法给予处分；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
二、改变设施农业用地用途
处罚措施：
责令限期改正：要求恢复原设施农业用途，如将工业厂房拆除，恢复为原本的种植或养殖用途。
没收违法所得：因改变用途所获得的任何经济收益，如租金收入，都将被没收。
罚款处罚：根据违法情节和造成的后果，将处以相应的罚款。
三、破坏设施农业用地种植条件
处罚措施：
责令限期改正或治理：要求采取措施恢复土地的种植条件，如进行土壤改良、平整土地等。
罚款处罚：根据破坏程度和影响大小，将处以相应的罚款；若构成犯罪，如造成耕地大量毁坏，将依法追究刑事责任。
四、非法占用农用地罪的定罪与量刑
法律规定：
根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大且造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，构成非法占用农用地罪。
量刑标准：
立案追诉标准：
五、其他法律责任
民事赔偿责任：因非法占地导致他人权益受损的，需承担停止侵害、排除妨碍、消除危险、返还财产、恢复原状、赔偿损失等民事责任。
生态修复责任：造成生态环境损害的，需履行生态修复义务，包括制定并实施修复方案，确保受损生态系统功能恢复。
六、执法程序要点
调查取证阶段：自然资源主管部门通过现场勘查、询问当事人、收集书证物证等方式固定证据。
听证告知环节：作出重大行政处罚决定前，应告知当事人听证权利，保障其陈述申辩机会。
决定执行流程：依法制作行政处罚决定书，明确处罚内容、履行方式及期限，并通过公告送达等方式确保当事人知悉。
综上所述，设施农用地进行违法建设将面临严厉的处罚，包括责令退还土地、限期拆除与恢复、没收与罚款、人员处分与刑事责任等。因此，建议所有涉及设施农业用地的单位和个人，务必增强法律意识，遵守法律法规，避免不必要的法律风险和损失。