针对您提出的“非法占用建设用地违反城乡规定应该由哪个部门查处”的问题，结论如下：
对于农村村民这一特定主体实施非法占用土地（包括各类土地）建住宅的行为，应由农业农村部门依法监管和查处。而对于这一特定主体和非法建住宅行为之外的其他非法占地行为，则由自然资源部门查处。
以下是对该结论的详细解释：
法律法规与机构职能：
- 根据现有法律法规规定、机构职能规定、政策性文件，农业农村部门负责农村宅基地改革和管理工作，包括宅基地执法，具体承担指导宅基地合理布局、用地标准、违法用地查处等工作。
- 自然资源部门则主要负责土地资源的整体规划、管理、保护和合理利用，对于非农村村民非法占地或非法建设行为进行查处。
特定情形说明：
- 农村村民非法占用土地建住宅，无论是否取得宅基地审批，无论占用的是何种用途土地，均属于农业农村部门的法定职责范围，由农业农村部门负责查处。
- 这一规定适用于包括违建时间在2020年1月以前的非法占地建住宅行为。
实际执行与司法实践：
- 在实务操作中，对于农村村民非法占地建住宅的处罚职权，虽然曾存在一些争议，但当前法律法规和机构职能已经明确，由农业农村部门负责查处。
- 司法实践也支持这一看法，各省法院、检察机关在司法裁判及公益诉讼中，均认为农村村民非法占用土地建设住宅应由农业农村部门查处。
综上所述，非法占用建设用地违反城乡规定，若涉及农村村民非法占用土地建住宅的行为，应由农业农村部门查处；其他非法占地行为则由自然资源部门查处。如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。