规划区内违法占地建设的查处主体，主要根据违法占地的性质、位置以及相关法律法规来确定，具体如下：
自然资源主管部门：
- 职责范围：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条的规定，对于未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的行为，由县级以上人民政府自然资源主管部门负责查处。这包括规划区内的违法占地建设行为，如果涉及非法占用土地，自然资源主管部门有权责令退还非法占用的土地，并对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可以处以罚款。
- 法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第七十七条。
农业农村主管部门（针对农村违建）：
- 职责范围：在农村地区，如果农民未经批准或采取欺骗手段获取批准，非法占用土地建造住宅，这类行为由农业农村主管部门负责查处。农业农村主管部门有权责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
- 法律依据：虽然具体条款可能未直接提及规划区，但农业农村主管部门在农村违建方面的查处职责是明确的，且农村地区往往也包含在规划区内。
乡镇人民政府（针对乡村规划区违建）：
- 职责范围：在乡、村庄规划区内，如果未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可进行建设，这类行为由乡镇人民政府负责查处。乡镇人民政府可以责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
- 法律依据：主要依据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，虽然具体条款可能未直接提及“违法占地”，但乡镇人民政府在乡村规划区内的违建查处职责是明确的。
城乡规划主管部门与建设行政主管部门：
- 职责范围：对于城市、镇规划区内的未取得建设工程规划许可证或未按许可建设的行为，由城乡规划主管部门负责查处。同时，工程所在地县级以上地方人民政府建设行政主管部门对未取得施工许可证或规避办理而擅自施工的行为具有监管职责。虽然这些部门主要关注的是规划许可和施工许可方面，但在某些情况下，违法占地建设也可能与这些许可相关，因此这些部门也可能间接参与查处。
- 法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规。
在实际操作中，查处违法占地建设行为可能涉及多个部门的协作。例如，自然资源主管部门可能首先发现违法占地行为，然后根据具体情况，可能需要与农业农村主管部门、乡镇人民政府或城乡规划主管部门等协作，共同完成查处工作。
如果您遇到规划区内违法占地建设的问题，建议首先向当地自然资源主管部门咨询或举报。他们将根据具体情况，协调相关部门进行查处。同时，您也可以根据违法占地的具体性质和位置，向农业农村主管部门或乡镇人民政府等部门咨询或举报。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。