国有土地上违法建筑的查处主要由城镇规划区的县（区）规划部门负责。以下是对此问题的详细分析：
一、查处主体与职责
县（区）规划部门：
- 根据《城乡规划法》及相关规定，对于国有土地上的违法建筑，由城镇规划区的县（区）规划部门进行调查取证。
- 调查取证环节包括调查当事人的基本情况（如家庭状况、职业、年龄等），违法建筑的现状（如区位、房屋面积、结构以及修建时间等），以及调取城市、镇建设总体规划确定规划区，并到房管部门查询该房屋的登记材料。
- 调查完成后，相关部门要作出房屋是否为违法建筑的认定，并报相关部门审查。
其他相关部门：
- 虽然主要查处职责在县（区）规划部门，但其他相关部门如自然资源主管部门、城市管理综合行政执法部门等，在涉及非法占用土地或特定区域的违法建筑时，也可能参与查处工作。不过，在国有土地上，且明确属于城镇规划区内的违法建筑，主要由县（区）规划部门负责。
二、查处程序与法律依据
查处程序：
- 立案调查：相关部门在发现违法建筑后，会进行立案调查，收集证据，确定违法事实。
- 作出处罚决定：根据调查结果，相关部门会依法作出处罚决定，包括责令停止建设、限期改正、罚款、限期拆除或没收实物及违法收入等措施。
- 执行处罚决定：对于限期拆除的违法建筑，如果当事人自行拆除，则无需强制执行；如果当事人拒不拆除，相关部门可以采取强制措施进行拆除，如申请人民法院强制执行等。
法律依据：
- 主要依据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条：“未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。”
三、实际案例与注意事项
实际案例：
- 例如，在城市市区内，有开发商擅自改变建设工程规划许可证规定的建筑层数和面积进行建设。这种情况下，县（区）规划部门会进行调查取证，并依法作出处罚决定，要求开发商限期改正或拆除违法建筑。
注意事项：
- 违法建筑的认定和查处必须严格按照法律程序进行，不是相关部门说要拆就能直接拆的。
- 当事人在接到相关文件后，一定要积极主动地进行维权，如提出陈述申辩、申请听证等，以维护自己的合法权益。
- 如果房屋确属违法建筑，且被强制拆除，当事人有权要求赔偿因违法拆除造成的合法财产损失。
总结来说，国有土地上违法建筑的查处主要由城镇规划区的县（区）规划部门负责。他们在查处过程中会严格按照法律程序进行，确保当事人的合法权益得到保障。如果您遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。