在城市规划区内，违章建筑一般由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门负责处理，若当事人不执行相关决定，县级以上地方政府可责成相关部门（如城市管理综合行政执法部门）采取查封现场、强制拆除等措施。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与处理主体

根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，对于城市规划区内的违章建筑，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门具有明确的处理权限。具体来说：

• 第六十四条规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，并处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。
• 若当事人不执行上述决定，县级以上地方政府可责成相关部门（如城市管理综合行政执法部门）采取查封现场、强制拆除等措施。

二、处理流程与注意事项

1. 调查与认定：

   • 城乡规划主管部门或相关执法部门在发现违章建筑后，会进行调查取证，确认建筑是否违反规划法规。
   • 调查过程中，会收集相关证据，如现场照片、规划图纸、证人证言等。

2. 责令停止建设与限期改正：

   • 对于尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的违章建筑，城乡规划主管部门会责令停止建设，并限期改正。
   • 改正措施可能包括补办规划许可证、调整建筑布局或结构等。

3. 限期拆除与没收：

   • 对于无法采取改正措施消除影响的违章建筑，城乡规划主管部门会责令限期拆除。
   • 若逾期不拆除，且不能拆除的，会没收实物或者违法收入，并可处以罚款。

4. 强制执行：

   • 若当事人不执行城乡规划主管部门的决定，县级以上地方政府可责成相关部门采取强制执行措施，如查封现场、强制拆除等。
   • 强制执行过程中，会确保现场安全，并尽量减少对周边环境的影响。

三、特殊情况与处理建议

• 历史遗留问题：对于一些历史遗留的违章建筑，处理时可能会考虑其形成原因、使用年限等因素，采取更为灵活的处理方式。
• 社会稳定风险：在处理违章建筑时，需充分考虑社会稳定风险，避免因处理不当引发群体性事件或社会矛盾。
• 建议与咨询：若您面临违章建筑问题，建议及时咨询专业律师或相关政府部门，了解具体的法律程序、责任及后果，以便采取合适的应对措施。

总结来说，城市规划区内的违章建筑一般由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门负责处理。在处理过程中，需遵循相关法律法规，确保程序合法、公正。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。