针对“城市规划区内集体建设用地上的违章由谁处理”这一问题，我们可以结合相关法律法规和实际执行情况来进行详细解答。

首先，我们需要明确的是，违章建筑（或称为违法建设）是指未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的建筑物、构筑物等。在城市规划区内，无论是国有土地还是集体建设用地上的违章建筑，都需要受到相应的管理和查处。

对于城市规划区内集体建设用地上的违章建筑，其处理责任主要归属于以下几个部门：

1. 自然资源和规划部门：

   • 该部门负责对违法建设进行认定，并提供关于违法建设是否属于通过改正措施消除对规划实施影响的情形的技术支持，并出具书面意见。
   • 同时，自然资源和规划部门也负责城乡规划区内非法占用集体土地违法建设行为的查处工作。

2. 城市管理行政执法部门：

   • 在城市规划区内国有土地上的违法建设查处工作中，城市管理行政执法部门负责统筹、协调、指导、监督。
   • 对于集体建设用地上的违章建筑，虽然直接查处责任可能不在其，但在实际操作中，城市管理行政执法部门往往会与自然资源和规划部门等紧密合作，共同推进违法建设的查处工作。

3. 乡镇人民政府及受委托的街道办事处：

   • 乡镇人民政府负责本辖区内的违法建设查处工作，包括集体建设用地上的违章建筑。
   • 街道办事处在委托范围内也负责本辖区内的违法建设查处工作。

4. 其他相关部门：

   • 如住房和城乡建设部门、农业农村主管部门、公安、市场监管、生态环境、文化体育旅游等部门，在各自职责范围内也会做好违法建设查处相关工作。

在实际执行过程中，查处部门会按照相关法律法规和程序，对查证核实的违法建设进行依法处置。这包括责令停止建设、限期改正、限期拆除、没收实物或违法收入等措施。对于正在建设的违法建设，查处部门会立即责令停止建设，并做好全过程记录；对于尚可采取改正措施消除对规划实施影响的，会责令限期改正并依法处以罚款；对于无法采取改正措施消除影响的，会责令限期拆除；对于不能拆除的，会没收实物或违法收入，并可以依法并处罚款。

此外，查处部门在作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，如果当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地的县、区人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。

综上所述，城市规划区内集体建设用地上的违章建筑由自然资源和规划部门、城市管理行政执法部门、乡镇人民政府及受委托的街道办事处等多个部门共同负责查处。各部门会按照相关法律法规和程序，对违法建设进行依法处置，以维护城乡建设秩序和保障公共利益。