在城市规划区内集体土地上违法建设的，一般由县级以上人民政府自然资源主管部门负责处罚。以下是对此问题的详细分析：
一、主要处罚主体及依据
自然资源主管部门：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，县级以上人民政府自然资源主管部门是土地管理的主要执法机构，负责查处违法使用土地的行为，包括在城市规划区内集体土地上的违法建设。
- 自然资源主管部门有权责令停止违法行为、限期改正或治理、退还非法占用土地、拆除违法建筑、没收违法所得并处以罚款等。
其他相关部门：
- 在某些情况下，如违法建设涉及城乡规划、建设管理等方面，城市管理综合行政执法部门或城乡规划主管部门也可能参与处罚。但具体职责划分可能因地区而异，需根据当地法律法规和政策确定。
二、违法建设的具体处罚措施
责令停止违法行为与限期改正：
- 一旦发现违法建设，自然资源主管部门将首先责令当事人立即停止违法行为，防止破坏进一步扩大。
- 如果违法行为导致土地利用不符合规定，但尚有恢复可能，会要求当事人在规定期限内调整土地使用方式，对被破坏的土地进行治理。
退还非法占用土地与拆除违法建筑：
- 对于未经批准或骗取批准非法占用土地进行建设的，自然资源主管部门将责令退还非法占用的土地。
- 若在集体用地上未经合法审批擅自建造建筑物等，且违反土地利用总体规划和建设规定，将责令限期拆除。逾期不拆除的，可由作出处罚决定的机关依法申请人民法院强制执行，拆除费用由违法当事人承担。
没收违法所得与罚款：
- 对于通过违法建设获取经济利益的行为，如违法出租集体土地用于非农业建设并收取租金，自然资源主管部门将依法没收当事人的违法所得。
- 根据违法情节的轻重，还将对违法当事人处以罚款。罚款金额依据相关法律法规，按违法占用土地面积、性质等因素确定。
刑事责任：
- 在严重违法建设的情形下，如非法占用农用地数量较大，造成大量毁坏，可能构成非法占用农用地罪，面临有期徒刑、拘役或罚金的刑事处罚。
三、特殊情形下的处理
无权或超越权限批准占用土地：
- 无权批准征收、使用土地的单位或个人非法批准占用土地的，或超越批准权限非法批准的，其批准文件无效。
- 对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，将依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 非法批准、使用的土地应收回，拒不归还的，以非法占用土地论处。
买卖或以其他形式非法转让土地：
- 对于此类违法行为，自然资源主管部门将没收违法所得。
- 若违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地，将限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物等，恢复土地原状，并处罚款。
- 对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，也将依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
四、建议与提醒
- 了解当地政策：由于不同地区的法律法规和政策可能存在差异，建议在处理具体问题时先了解当地的相关规定。
- 合法合规建设：在进行建设活动时，务必确保获得合法的审批手续，遵守土地利用总体规划和建设规定，避免违法建设带来的法律风险和经济损失。
- 及时咨询与处理：如果发现违法建设行为或自己面临违法建设的指控，应及时咨询专业律师（如我）或相关执法部门，了解自己的权利和义务，并采取相应的法律措施。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。