集体土地纳入城市规划区后，是适用城乡规划处罚的。具体分析如下：

根据《最高人民法院关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》第十二条第二款的规定，征收农村集体土地时，如果未就被征收土地上的房屋及其他不动产进行安置补偿，而在补偿安置时房屋所在地已纳入城市规划区，那么土地权利人是可以请求参照执行国有土地上房屋征收补偿标准的，人民法院对此一般也会予以支持，但会扣除已经取得的土地补偿费。这一规定实际上已经暗示了，在集体土地被纳入城市规划区后，其上的建筑物、构筑物等是应当受到城乡规划法的约束的，否则也就无需参照国有土地上房屋征收补偿标准来进行补偿了。

从逻辑上讲，城乡规划法是为了实现城乡空间的合理布局和有效管理，保障城乡发展的有序进行。而集体土地一旦被纳入城市规划区，就意味着其已经成为了城市发展的一部分，其上的建设活动自然应当受到城乡规划法的规范和约束。如果集体土地上的建设活动违反了城乡规划法的规定，那么相关部门是有权依法进行处罚的。

综上所述，集体土地纳入城市规划区后，是适用城乡规划处罚的。如果你在这方面遇到了具体的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。