村庄规划内的违法用地行为，主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责处理。以下是对此问题的详细分析：

一、主要处理部门及职责

1. 县级以上人民政府自然资源主管部门：

   • 职责：这是处理违法用地行为的主要部门，负责土地资源的规划、管理、监督和执法工作。在村庄规划内，若发现违法用地行为，如未经批准擅自占用土地、超出审批范围用地等，该部门将依法进行查处。
   • 法律依据：根据《土地管理法》等相关法律法规，县级以上人民政府自然资源主管部门有权对违法用地行为进行调查、取证，并依法作出行政处罚决定，如责令改正、限期拆除、恢复土地原状、没收违法所得、罚款等。

2. 其他相关部门：

   • 乡镇人民政府：在村庄规划内，乡镇人民政府也承担一定的土地管理职责，如协助上级部门开展土地巡查、发现并报告违法用地行为等。但在具体执法和处理上，通常仍需由县级以上人民政府自然资源主管部门负责。
   • 农业农村部门：若违法用地行为涉及农村集体土地，农业农村部门也可能在职责范围内参与处理，如涉及农村宅基地管理等方面。但同样，具体执法和处理工作主要由自然资源主管部门承担。

二、处理方式及适用情形

在村庄规划内发现违法用地行为后，相关部门将根据违法行为的性质、情节和社会影响等因素，采取合适的处理方式。这些方式包括但不限于：

1. 责令改正与限期拆除、恢复土地原状：对于情节轻微的违法用地行为，如农民建房稍微超出审批面积但不影响整体规划和公共利益，或建筑物不符合土地利用总体规划，相关部门会责令违法用地者在规定期限内自行改正违法行为，如拆除超出部分或违规建筑物，并恢复土地原状。

2. 没收违法所得：若违法用地者通过违法用地行为获得了经济利益，如将违法占用的土地用于非农业建设并出租获取租金，县级以上人民政府自然资源主管部门有权没收违法所得，以剥夺其非法利益。

3. 罚款：对于存在违法用地行为的情况，可并处罚款。具体裁量考虑违法用地的面积、用途、情节等因素。根据《土地管理法》，可对违法占用土地的行为处以每平方米100元以上1000元以下的罚款。

4. 依法收回土地使用权：若违法用地者违反规定闲置土地、擅自改变土地用途且情节严重，即使符合规划也可能面临土地被收回的风险。由县级以上人民政府自然资源主管部门报经批准，可以收回国有土地使用权；农村集体经济组织也可依法收回集体土地使用权。

5. 追究刑事责任：如果违法用地行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，将依法追究刑事责任。可能面临判刑、处罚金等严重的法律后果。

三、实际操作建议

由于具体的处理方式可能因地区和政策差异而有所不同，且违法用地行为的处理涉及复杂的法律程序和专业知识，建议在实际操作中直接向我咨询，以获取准确的法律意见和指导。我将根据您的具体情况，结合相关法律法规和政策，为您提供全面、专业的法律服务。

综上所述，村庄规划内的违法用地行为主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责处理。在处理过程中，相关部门将根据违法行为的性质、情节和社会影响等因素，采取合适的处理方式。若您遇到此类问题，建议及时咨询专业律师以获取帮助。