针对您提出的“不在村庄规划区内的违法建筑由哪个部门处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，农村违法建筑的管理确实涉及多个政府部门，具体处理部门会根据违法建筑的性质、占用土地类型及规划情况来确定。对于不在村庄规划区内的违法建筑，其处理部门可能因具体情况而有所不同，但一般来说，主要涉及以下几个部门：
自然资源部门（国土资源局）：
- 如果违法建筑涉及违反土地利用总体规划，擅自将农用地改为建设用地等行为，那么自然资源部门将是主要的处理部门。
- 他们有权责令限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，并可处以罚款。
农业农村部门：
- 如果违法建筑涉及未经审批非法占用土地建造住宅，特别是农业用地上的住宅，那么农业农村部门也将参与处理。
- 他们有权责令退还非法占用的土地，并限期拆除新建房屋，以保障农业用地的合理利用。
综合执法部门（部分地区）：
- 在一些地区，综合执法部门行使相对集中行政处罚权，统一执法包括违章建筑在内的各类违法行为。
- 如果您所在的地区有这样的综合执法部门，那么您也可以向他们举报不在村庄规划区内的违法建筑问题。
处理流程：
无论哪个部门负责处理，通常都会遵循以下流程：
- 立案：执法部门在发现或接到投诉、举报后，会决定将其作为行政案件进行查处。
- 调查：执法人员会进行实地调查，收集相关证据，包括现场勘查、询问当事人、调取相关资料等。
- 决定：根据调查结果，相关部门会作出处理决定，如责令停止建设、限期改正、拆除、罚款等。
- 执行：对于需要拆除的违法建筑，相关部门会组织执行拆除工作，并确保拆除过程合法合规。
注意事项：
- 在面对拆除决定时，违法建筑的所有权人应严格核查拆除单位是否按照法律程序进行拆除。如拆除单位未按照程序进行拆除，所有权人有权拒绝违法拆除，并可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 违法建筑内的财产独立于违法建筑存在，系当事人的合法财产，依法应当受到保护。在拆除过程中，如造成财产损失，被拆迁人有权请求相应的赔偿。
综上所述，对于不在村庄规划区内的违法建筑，其处理部门可能因具体情况而有所不同，但主要涉及自然资源部门、农业农村部门以及部分地区的综合执法部门。建议您根据违法建筑的具体情况，向当地相关部门进行反映和举报，并积极配合相关部门的调查和处理工作。