设施农用地违法主要由市、县自然资源主管部门会同农业农村主管部门进行管理。以下是详细分析：

一、管理部门的职责

1. 市、县自然资源主管部门：

   • 负责设施农业用地的日常管理，包括用地规模、用途、位置等方面的审核和监管。
   • 对违反设施农业用地政策的行为进行查处，如非法占用土地、改变土地用途等。

2. 市、县农业农村主管部门：

   • 与自然资源主管部门共同负责设施农业用地的管理，特别是在农业设施建设、农业生产活动等方面的监管。
   • 对设施农业用地中的农业生产活动进行指导和监督，确保符合农业发展规划和政策要求。

二、管理依据与流程

• 管理依据：根据《自然资源部 农业农村部 关于设施农业用地管理有关问题的通知》等相关规定，设施农业用地需要符合一定的条件和标准，并经过备案程序。
• 备案流程：设施农业用地由农村集体经济组织或经营者向乡镇政府备案，乡镇政府定期汇总情况后汇交至县级自然资源主管部门。涉及补划永久基本农田的，须经县级自然资源主管部门同意后方可动工建设。

三、违法行为的处理

• 违法行为认定：如果设施农业用地违反了相关政策或规定，如非法占用土地、改变土地用途、未按规定进行备案等，将被认定为违法行为。
• 处理措施：对于违法行为，市、县自然资源主管部门会同农业农村主管部门将依法进行查处，包括责令停止违法行为、限期改正、罚款等措施。情节严重的，还可能面临拆除违规建筑、恢复土地原状等处罚。

四、建议与提醒

• 遵守规定：建议设施农业用地的经营者严格遵守相关政策和规定，确保用地合法合规。
• 及时备案：按照规定的流程进行用地备案，确保用地手续齐全。
• 咨询与监督：如有任何疑问或需要帮助，可以及时向当地自然资源主管部门或农业农村主管部门咨询。同时，也可以对发现的违法行为进行举报和监督。

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