结论：农村占用建设用地建房的查处，一般由自然资源主管部门负责，具体依据是《土地管理法》的相关规定。在查处过程中，虽然《城乡规划法》也可能涉及，但优先适用的是《土地管理法》。

详细分析：

1. 查处主体：

   • 根据《土地管理法》的相关规定，农村占用建设用地建房的行为，如果未经批准或者违反批准的内容进行建设，属于违法用地行为。这类行为的查处主体通常是自然资源主管部门（在部分地区可能仍称为国土资源部门）。自然资源主管部门负责土地资源的规划、管理、保护和监督，有权对违法用地行为进行查处。

2. 法律依据：

   • 《土地管理法》：该法规定了土地的使用、管理、保护和监督等方面的内容，是查处农村占用建设用地建房行为的主要法律依据。根据该法，未经批准或者违反批准内容占用土地进行建设的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款。
   • 《城乡规划法》：虽然该法也涉及建设用地的规划和管理，但其主要关注的是城乡规划的制定、实施和修改等方面。在查处农村占用建设用地建房行为时，如果行为同时违反了城乡规划，那么自然资源主管部门在查处过程中也可能会参考《城乡规划法》的相关规定，但这不是主要的查处依据。

3. 优先适用法律：

   • 在查处农村占用建设用地建房行为时，优先适用的是《土地管理法》。因为该行为主要涉及的是土地的使用和管理问题，而《土地管理法》正是针对这一问题进行规定的。当然，如果行为同时违反了城乡规划，那么自然资源主管部门在查处过程中也会综合考虑《城乡规划法》的相关规定，但不会改变《土地管理法》作为主要查处依据的地位。

4. 特殊情况：

   • 如果农村占用建设用地建房的行为涉及到了其他法律法规，比如环境保护、文物保护等方面的规定，那么自然资源主管部门在查处过程中也可能会与其他相关部门进行协调，共同处理该行为。但在大多数情况下，这类行为的查处主要还是依据《土地管理法》进行。

建议：

• 如果您或您身边的人遇到了农村占用建设用地建房的问题，建议首先了解相关的法律法规和政策规定，确保自己的行为合法合规。
• 如果已经发生了违法用地行为，建议尽快与自然资源主管部门取得联系，了解具体的查处情况和后续处理措施，以便及时采取措施进行整改或申诉。
• 在处理这类问题时，如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和建议。