农村违规建房问题，既涉及《城乡规划法》也涉及《土地管理法》，具体适用哪部法律需根据违规行为的具体情形来判断。以下是详细分析：
若违规建房行为主要涉及未按照规划许可进行建设：
- 这种情况下，主要适用的是《城乡规划法》。根据该法，在乡、村庄规划区内进行农村村民住宅建设，不得违反乡、村庄规划。若未取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，将面临责令停止建设、限期改正，逾期不改正的，可以拆除等处罚。
若违规建房行为主要涉及非法占用土地：
- 这种情况下，则主要适用的是《土地管理法》。该法规定，农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。若占用的是农用地，还可能面临更严厉的处罚，包括恢复土地原状、罚款等。
若违规建房行为同时涉及未按照规划许可进行建设和非法占用土地：
- 在这种情况下，可能同时违反《城乡规划法》和《土地管理法》的相关规定。行政机关在处理时，可能会根据具体情况，选择适用其中一部法律或者同时适用两部法律进行处罚。例如，对于既未取得乡村建设规划许可证又非法占用农用地的建房行为，可能会同时面临责令停止建设、限期改正（或拆除）以及退还非法占用的土地、恢复土地原状等处罚。