占用地下空间违法经营的管理部门主要取决于地下空间的具体性质和用途，以及违法经营的具体行为类型，一般可能涉及城市管理部门、规划与自然资源部门、住房和城乡建设部门以及公安机关等多个部门。以下是一些具体情境下的管理部门分析：

1. 城市管理部门（城管）：

   • 核心职责：如果地下空间被擅自占用进行摆摊设点、堆放物料等违法经营行为，且该地下空间属于城市公共区域的一部分，那么城市管理部门将负责查处。例如，在地下通道或地下商场内违规摆摊设点。
   • 执法依据：相关城市管理法规和规章，如《城市道路管理条例》等，虽然主要针对城市道路，但类似的原则也适用于其他城市公共区域的管理。

2. 规划与自然资源部门：

   • 核心职责：如果地下空间的使用违反了城乡规划，比如未经批准擅自改变地下空间的用途进行违法经营，规划与自然资源部门将负责监管和处理。例如，将地下车库擅自改建为商铺或仓库。
   • 执法依据：《城乡规划法》等相关法律法规，对违反规划的行为设定了相应的处罚措施。

3. 住房和城乡建设部门：

   • 核心职责：如果地下空间属于物业管理区域的一部分，且违法经营行为涉及物业共用部位或共用设施设备的占用，住房和城乡建设部门将负责监督和处理。例如，在地下停车场内违规设置摊位或堆放杂物。
   • 执法依据：《物业管理条例》等相关规定，对擅自占用物业共用部位或共用设施设备的行为设定了处罚措施。

4. 公安机关：

   • 核心职责：如果地下空间的违法经营行为涉及治安管理问题，如非法集会、赌博等，公安机关将负责查处。此外，如果违法经营行为导致地下空间存在安全隐患，如消防通道被堵塞等，公安机关也可能介入处理。
   • 执法依据：《治安管理处罚法》、《消防法》等相关法律法规。

特殊场景下的跨部门协作：

• 在一些复杂或大型的地下空间违法经营案件中，可能需要多个部门联合执法。例如，在地下商场内同时存在违规摆摊设点和消防安全隐患时，城市管理部门和公安机关可能需要共同介入处理。

建议：

• 如果您发现地下空间存在违法经营行为，首先应尝试确定该地下空间的具体性质和用途，以及违法经营的具体行为类型。
• 然后，根据上述分析，向相应的管理部门进行举报或投诉。
• 在举报或投诉时，请提供尽可能详细的信息和证据，以便管理部门能够迅速有效地进行处理。

如果您在处理此类问题时遇到任何法律难题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律帮助。