违建房从事商业经营的管理部门主要依据违建房的地点、性质及影响来确定，涉及多个部门协同管理。以下是具体的管理部门及其职责：

1. 城乡规划主管部门：

   • 职责：在城市规划区内，对未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定进行建设的违建房，城乡规划主管部门有权责令停止建设，并视情况采取改正措施、限期拆除或没收实物/违法收入，并可处罚款。若违建房从事商业经营，该部门将重点审查其是否符合城市规划要求。

2. 城市管理综合行政执法部门（城管部门）：

   • 职责：城管部门在城市规划区内对违反规划建设管理规定的违法建筑有查处权。对于未经规划许可擅自搭建的建筑物、构筑物，包括违建房从事商业经营的情况，城管部门有权责令停止建设、限期拆除等。在某些地区，城管部门还可能参与协调各部门工作，合力处理违建问题。

3. 乡（镇）人民政府：

   • 职责：在乡、村庄规划区内，对未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行建设的违建房，乡（镇）人民政府有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。若违建房位于农村地区且从事商业经营，乡（镇）人民政府将承担直接管理责任。

4. 国土资源部门（县级以上人民政府土地行政主管部门）：

   • 职责：国土资源部门对非法占用土地建设的违建房进行管理。若违建房从事商业经营且涉及非法占地，国土资源部门将责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。

5. 水利部门：

   • 职责：若违建房位于河道管理范围内且影响行洪安全，水利部门将依据《防洪法》等相关法律法规，责令停止违法行为，限期拆除违法建筑物，恢复原状；逾期不拆除的，将强行拆除。

法律建议：

• 若您发现违建房从事商业经营，首先应确认该违建房的具体位置、性质及影响，以便确定具体的管理部门。
• 在向相关部门反映问题时，请提供详细的违建房信息，包括地址、建设情况、商业经营情况等，以便相关部门能够迅速、准确地处理。
• 若您作为违建房的所有者或使用者，应尽快了解相关法律法规，积极配合政府部门的执法工作，避免不必要的法律纠纷和经济损失。

可能后果：

• 若违建房从事商业经营且未得到相关部门的许可或批准，可能面临责令停止经营、罚款、限期拆除等处罚措施。
• 若违建房存在安全隐患或影响城市规划、防洪安全等公共利益，相关部门将依法采取强制措施进行拆除或整改。

综上所述，违建房从事商业经营的管理涉及多个部门，各部门根据各自职责范围进行协同管理。了解并遵守相关法律法规，积极配合政府部门的执法工作，是避免和解决违建问题的关键。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。