当劳动仲裁申请超过法定时效，且用人单位以此为由进行抗辩时，法院的判决会综合考虑多方面因素，具体判决结果可能因案件情况而异。以下是对此问题的详细分析：
一、劳动仲裁超时效的法律后果
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。若劳动者未能在规定时效内提出仲裁申请，且不存在不可抗力或其他正当理由导致时效中断或中止的情形，其仲裁请求可能因超过时效而面临被驳回的风险。
二、法院对劳动仲裁超时效案件的审理原则
尊重仲裁前置程序：
- 法院在审理劳动争议案件时，通常会遵循仲裁前置的原则，即先经过劳动仲裁程序，再进入诉讼程序。因此，即使仲裁申请超过时效，法院仍会审查仲裁程序的合法性及裁决结果。
审查时效抗辩权行使情况：
- 如果用人单位在仲裁阶段未提出超过仲裁申请期间的抗辩，而在诉讼阶段才提出，法院可能不会采纳其抗辩理由。这是因为，根据相关司法解释，当事人在仲裁阶段未提出时效抗辩，劳动人事争议仲裁委员会作出实体裁决后，当事人在诉讼阶段又以超过仲裁时效期间为由进行抗辩的，人民法院通常不予支持。
综合考量案件事实与法律适用：
- 法院在审理过程中，会全面审查案件事实，包括双方当事人的陈述、证据材料以及相关法律法规的适用情况。对于超过仲裁时效的案件，法院会特别关注是否存在时效中断、中止等法定情形，以及这些情形是否足以影响仲裁时效的计算。
三、法院可能的判决结果
驳回诉讼请求：
- 如果法院认定劳动者的仲裁申请确实超过了法定时效，且不存在时效中断、中止等法定情形，那么法院可能会依法驳回劳动者的诉讼请求。这意味着劳动者将无法通过法律途径维护自己的权益。
支持部分或全部诉讼请求：
- 在某些情况下，虽然劳动者的仲裁申请超过了时效，但法院可能认为用人单位存在过错或违法行为，或者劳动者的权益受到了严重侵害。在这种情况下，法院可能会支持劳动者的部分或全部诉讼请求。这需要根据具体案件事实和法律规定进行综合判断。例如，如果用人单位在劳动关系存续期间拖欠劳动报酬，且劳动者在劳动关系终止后一年内提出仲裁申请，即使仲裁申请时已经超过了一般的仲裁时效，但法院仍可能支持劳动者的请求。
发回重审或改判（较少见）：
- 如果法院认为原仲裁裁决存在错误或遗漏重要事实，可能会将案件发回仲裁机构重新审理，或者直接改判。但这通常发生在仲裁程序存在严重违法或裁决结果明显不公的情况下，与仲裁时效的直接关系不大。
四、法律建议
及时行使权利：
- 劳动者在知道或应当知道自己的权益受到侵害时，应及时向劳动仲裁机构提出仲裁申请，以免超过法定时效而丧失维权机会。
保留证据：
- 在劳动争议发生后，劳动者应尽可能保留与争议相关的证据材料，如劳动合同、工资单、工作记录等。这些证据在仲裁和诉讼过程中将起到至关重要的作用。
咨询专业律师：
- 如果劳动者对劳动仲裁时效或相关法律程序存在疑问，应及时咨询专业律师。律师可以根据劳动者的具体情况提供针对性的法律建议和帮助。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供详细的法律解答和帮助。