结论：在劳动仲裁中，若仲裁机构认为实体审理超时效但实际上并未超时效，且案件最终进入法院审理阶段，法院会根据实际时效情况进行判断，并依法作出裁决。具体来说，如果法院认定并未超时效，则会正常审理案件并作出判决；如果法院认定确实存在超时效的情况，则可能会驳回原告的诉讼请求。
分析说明：
仲裁与诉讼的时效规定：
- 劳动仲裁和诉讼都有各自的时效规定。一般来说，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 如果仲裁机构在审理过程中认为实体审理超时效，这通常是基于其对时效规定的理解和案件具体情况的判断。然而，这种判断并不具有终局性，因为案件还有可能进入诉讼阶段。
法院对时效的重新审查：
- 当案件进入法院审理阶段时，法院会独立对时效问题进行审查。法院会根据相关法律法规和案件事实，判断原告的诉讼请求是否超过了法定的时效期间。
- 如果法院认定并未超时效，那么它会正常审理案件，并根据事实和法律作出判决。这可能包括支持原告的诉讼请求，或者驳回部分或全部诉讼请求（如果原告的请求缺乏事实或法律依据）。
- 如果法院认定确实存在超时效的情况，那么根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，法院可能会驳回原告的诉讼请求。这是因为，超过时效期间的诉讼请求，通常不再受到法律的保护。
实际案例与法律适用：
- 在实际案例中，仲裁机构和法院对时效的判断可能会存在差异。这可能是由于两者对法律法规的理解不同，或者对案件事实的认定存在分歧。
- 当仲裁机构和法院对时效的判断不一致时，应以法院的最终判决为准。因为法院是最终的司法裁判机关，其判决具有终局性和法律效力。
建议与行动：
- 及时咨询专业律师：如果你面临类似的劳动争议案件，并且担心时效问题，建议及时咨询专业律师。律师可以根据你的具体情况和相关法律法规，为你提供准确的法律意见和诉讼策略。
- 准备充分证据：在诉讼过程中，准备充分的证据是至关重要的。这包括证明你未超过时效期间的证据（如相关通知、邮件、短信等），以及支持你诉讼请求的其他证据（如劳动合同、工资单、工作证等）。
- 关注法院判决：无论仲裁机构如何判断时效问题，你都应密切关注案件的进展和法院的判决。如果法院认定并未超时效，你可以继续维护自己的合法权益；如果法院认定超时效，你可以考虑是否上诉或采取其他法律措施。
后续思考依据：
- 在处理类似案件时，应充分考虑仲裁机构和法院对时效问题的不同判断标准和审查方式。
- 及时咨询专业律师并准备充分证据是维护自己合法权益的关键。
- 密切关注案件进展和法院判决，以便及时采取应对措施。