当劳动仲裁申请超过法定时效时，法院在判决时会进行一系列细致且全面的考量。以下是对此问题的详细解答：

一、劳动仲裁时效的基本规定

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这一规定是判断劳动仲裁申请是否超时效的基本依据。

二、法院对超时效劳动仲裁案件的审理原则

1. 尊重仲裁前置程序：

   • 法院在审理劳动争议案件时，会遵循仲裁前置的原则，即先经过劳动仲裁程序，再进入诉讼程序。即使仲裁申请超过时效，法院仍会审查仲裁程序的合法性及裁决结果，但会特别关注时效问题。

2. 审查时效抗辩权行使情况：

   • 如果用人单位在仲裁阶段未提出时效抗辩，而在诉讼阶段才提出，法院可能不会采纳其抗辩理由。这是因为法院遵循不告不理原则，只有用人单位明确提出时效抗辩，法院才会对时效问题进行审查。

3. 综合考量案件事实与法律适用：

   • 法院在审理过程中，会全面审查案件事实，包括双方当事人的陈述、证据材料以及相关法律法规的适用情况。对于超过仲裁时效的案件，法院会特别关注是否存在时效中断、中止等法定情形，以及这些情形是否足以影响仲裁时效的计算。

三、法院可能的判决结果

1. 驳回诉讼请求：

   • 如果法院认定劳动者的仲裁申请确实超过了法定时效，且不存在时效中断、中止等法定情形，那么法院可能会依法驳回劳动者的诉讼请求。这是因为超过时效的仲裁申请，通常意味着劳动者失去了通过仲裁程序维护自身权益的权利。

2. 支持部分或全部诉讼请求：

   • 在某些特殊情况下，虽然劳动者的仲裁申请超过了时效，但法院可能认为用人单位存在过错或违法行为，或者劳动者的权益受到了严重侵害。在这种情况下，法院可能会根据具体案件事实和法律规定，支持劳动者的部分或全部诉讼请求。

3. 发回重审或改判：

   • 如果法院认为原仲裁裁决存在错误或遗漏重要事实，可能会将案件发回仲裁机构重新审理，或者直接改判。但这通常发生在仲裁程序存在严重违法或裁决结果明显不公的情况下，且相对较为少见。

四、特殊情况下的处理

• 在遭遇不可抗力或存在其他合理理由导致时效中断或中止的特殊情况下，法院会根据实际情况进行深入分析和判断。如果劳动者能够提供充分证据证明存在时效中断或中止的情形，法院可能会认定其仲裁申请未超时效。

• 若用人单位在仲裁程序或法庭审判阶段未提出时效抗辩，法院不会主动对时效问题展开调查，而是会直接针对案件的实体内容进行深入的审理与判决。

五、建议与提醒

• 劳动者在面临劳动争议时，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，确保在仲裁时效期内有效行使权利。

• 如果劳动者认为自己的仲裁申请可能超时效，应尽可能收集并保存相关证据，以证明存在时效中断或中止的情形。

• 用人单位在应对劳动争议时，也应及时提出时效抗辩（如果适用），并提供相应证据支持其观点。

综上所述，法院对超时效劳动仲裁案件的判决是一个复杂而细致的过程，涉及多个法律知识点和具体案例的实际情况。因此，在处理此类案件时，建议双方当事人及时咨询专业律师，以确保自身权益得到有效维护。