在处理超过仲裁时效的劳动争议案件时，法院会依据相关法律法规和案件具体情况，进行细致而全面的审查，并依法作出相应的裁决。以下是对此问题的详细解答：
一、劳动仲裁时效的基本规定
首先，我们需要明确劳动仲裁的时效期间。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。这意味着，劳动者在发现自己的权益受到侵害后，需要在一年内提出仲裁申请，否则可能面临因超过时效而被驳回的风险。
二、法院对超过仲裁时效案件的处理原则
尊重仲裁前置程序： 劳动争议案件具有特殊性，需要先经过仲裁前置程序，即先向劳动争议仲裁机构申请仲裁，对仲裁结果不服才能向法院起诉。因此，即使劳动者的仲裁申请超过时效，法院在受理案件后，仍会审查仲裁程序的合法性及裁决结果（如果仲裁机构已作出裁决的话）。
审查时效抗辩权行使情况： 在审理过程中，法院会特别关注对方当事人是否提出了仲裁时效抗辩。如果用人单位在仲裁阶段未提出时效抗辩，而在诉讼阶段才提出，根据相关司法解释，法院通常不会采纳其抗辩理由。这是因为，时效抗辩权是当事人的一项权利，但需要在规定的期限内行使，否则可能视为放弃。
综合考量案件事实与法律适用： 法院在审理过程中，会全面审查案件事实，包括双方当事人的陈述、证据材料以及相关法律法规的适用情况。对于超过仲裁时效的案件，法院会特别关注是否存在时效中断、中止等法定情形，以及这些情形是否足以影响仲裁时效的计算。
三、法院可能的判决结果
驳回诉讼请求： 如果法院认定劳动者的仲裁申请确实超过了法定时效，且不存在时效中断、中止等法定情形，那么法院可能会依法驳回劳动者的诉讼请求。这意味着，劳动者将无法通过法律途径维护自己的权益。
支持部分或全部诉讼请求： 在某些特殊情况下，虽然劳动者的仲裁申请超过了时效，但法院可能认为用人单位存在过错或违法行为，或者劳动者的权益受到了严重侵害。在这种情况下，法院可能会根据案件事实和法律规定，支持劳动者的部分或全部诉讼请求。这体现了法院在维护劳动者权益方面的灵活性和公正性。
其他处理方式： 如果法院认为原仲裁裁决存在错误或遗漏重要事实，可能会将案件发回仲裁机构重新审理，或者直接改判。但这通常发生在仲裁程序存在严重违法或裁决结果明显不公的情况下，且相对较为罕见。
四、建议与提醒
对于劳动者而言，为了避免因超过仲裁时效而失去维权机会，建议：
综上所述，法院在处理超过仲裁时效的劳动争议案件时，会依据相关法律法规和案件具体情况进行综合判断，并依法作出相应的裁决。因此，当事人在面临这类问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助。