对于超过追诉时效的案件，法院的处理方式主要依据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关法律规定，并结合案件所处的具体诉讼阶段来决定。以下是对这一问题的详细解答：
一、追诉时效的基本原则
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条，犯罪已过追诉时效期限的，不追究刑事责任。这是处理超过追诉时效案件的基本原则，旨在保障人权和法律的公正性。
二、不同诉讼阶段的处理方式
侦查阶段：
- 若侦查机关在侦查过程中发现案件已过追诉时效，应撤销案件，不再继续侦查。
审查起诉阶段：
- 案件移送至检察院后，若检察院审查发现已过追诉时效，应作出不起诉决定，案件不会进入审判程序。
立案阶段：
- 在案件立案前，若公安机关或人民检察院发现案件已过追诉时效，可能会作出不立案的决定，或者检察院可能直接作出不起诉决定，从而避免案件进入后续诉讼程序。
审判阶段：
- 若案件已进入审判程序，法院在审理过程中发现已过追诉时效，应裁定终止审理。此时，即使被告人被指控犯有罪行，也因其行为已超过法律规定的追诉时效而免受法律制裁。
- 特殊情况下，若在审理过程中已查明被告人确实无罪，法院应判决宣告被告人无罪，而非仅因追诉时效过期而终止审理。
三、特殊情况下的处理
- 法定最高刑为无期徒刑或死刑的案件：若追诉期限为二十年，二十年后认为必须追诉的，需报请最高人民检察院核准后方可继续追诉。
- 犯罪嫌疑人逃避侦查或审判：若犯罪嫌疑人在立案侦查或受理案件后逃避侦查或审判，则不受追诉期限限制。即使案件原本已超过追诉时效，也可能因逃避行为而重新启动追诉程序。
四、判决书超过追诉时效的处理
若判决书尚未生效：
- 当事人可因一审判决未考虑追诉时效问题而提起上诉，上诉状中应详细阐述案件已超过追诉时效的事实和理由，并提供相应证据。二审法院将重新审查并可能改判无罪。
- 检察院若在一审判决后发现案件存在超过追诉时效问题且判决尚未生效，也可向上一级人民法院提出抗诉，要求二审法院纠正一审错误判决。
若判决书已生效：
- 当事人可在判决生效后六个月内（或有新证据时自知道或应当知道之日起六个月内）向作出生效判决的法院或其上一级法院申请再审，请求法院启动再审程序重新审理。
- 当事人也可向同级或上一级人民检察院申诉，请求检察监督。检察院若认为申诉理由成立，可向法院提出抗诉，启动再审程序。
- 法院在收到当事人的再审申请或检察院的抗诉后，将重新组成合议庭对案件进行全面审查，重点审查追诉时效问题，并根据审查结果作出正确裁判。
五、建议与应对
- 对于当事人：发现判决书超过追诉时效时，应及时向法院提出异议或申请撤销，并咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。
- 对于司法机关：在作出判决前应严格审查案件是否超过追诉时效，以避免法律纠纷和司法资源浪费。同时，对于已超过追诉时效的案件，应依法作出终止审理或宣告无罪的裁定或判决。
综上所述，对于超过追诉时效的案件，法院会根据案件所处的具体诉讼阶段和法律规定来作出相应的处理。在实际操作中，应严格遵循法律规定，确保案件的公正处理。