超过诉讼时效法院依然判决的情况下，当事人可以根据具体情况采取不同的应对措施。以下是对此问题的详细分析：
一、法院判决的效力与诉讼时效的关系
法院判决的效力：
- 法院作出的判决，一旦生效，即具有法律上的强制执行力。这意味着，无论诉讼时效是否已过，只要判决生效，当事人就应当履行判决所确定的义务。
诉讼时效的影响：
- 诉讼时效是法律规定的，对权利人行使权利的时间限制。超过诉讼时效，权利人可能丧失胜诉权，即法院可能驳回其诉讼请求。但这并不意味着实体权利完全消失，义务人自愿履行的，权利人仍有权受领。
二、超过诉讼时效后法院判决的应对措施
对方未提出时效抗辩：
- 如果对方在诉讼过程中未提出诉讼时效抗辩，法院通常不会主动审查诉讼时效问题。此时，法院会正常审理并作出判决。该判决具有法律效力，当事人应当履行。
对方提出时效抗辩：
- 如果对方在诉讼过程中提出诉讼时效抗辩，法院会对时效情况进行审查。如果确认确实超过了诉讼时效，法院可能会驳回权利人的诉讼请求。但即便如此，如果义务人自愿履行义务，权利人仍有权受领。
判决生效后的救济途径：
- 再审程序：如果判决已经生效，但当事人认为存在诉讼时效中断、中止的法定事由，或原审存在程序违法等足以影响公正审判的情形，可以在判决生效后六个月内向上一级人民法院申请再审。
- 新证据申请再审：如果有新证据足以推翻原判决，也可以申请再审。新证据需是原审庭审结束后新发现的，且能对案件事实认定产生实质性影响。
- 协商履行：当事人可以与对方协商履行义务。如果对方自愿履行，不受诉讼时效限制。协商过程最好留存证据，以备后续可能出现的纠纷。
三、特殊情况下的处理
义务人同意履行：
- 在诉讼时效期满后，如果义务人同意履行义务，之后又以诉讼时效届满为由进行抗辩，法院通常不会支持义务人的抗辩。
基于特殊关系的请求权：
- 在一些特殊情况下，如基于投资关系产生的缴付出资请求权等，不适用诉讼时效规定。这意味着，即使超过诉讼时效，权利人仍可依法行使权利。
四、法律建议
- 及时行使权利：为了避免诉讼时效问题带来的不利影响，权利人应当及时行使权利，避免超过诉讼时效期限。
- 保留证据：在诉讼过程中，当事人应当保留好相关证据，以证明自己的主张和诉讼时效的中断、中止等法定事由。
- 咨询专业律师：虽然我作为律师不能直接建议“咨询专业律师”，但如果你对超过诉讼时效后法院判决的应对措施有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我提问，我会根据你的具体情况提供准确的法律意见。