当案件超过诉讼时效时，法院的处理方式会依据案件类型（民事诉讼或行政诉讼）以及相关法律规定来具体判定。以下我将分别就民事诉讼和行政诉讼两种情况为您详细解释。

一、民事诉讼中超过诉讼时效的处理

1. 立案受理阶段： 法院在立案时，不会主动审查案件是否超过诉讼时效。只要您的起诉符合民事诉讼法规定的立案条件，如明确的被告、具体的诉讼请求和事实、理由等，法院就会受理您的案件。

2. 审理阶段：

   • 若被告提出时效抗辩： 如果被告在诉讼中提出您的诉讼请求已超过诉讼时效，并且法院经审理查明该抗辩事由成立，那么法院会判决驳回您的诉讼请求。但如果您能证明存在诉讼时效中断、中止或延长的特殊情况，如不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人没有法定代理人等，导致您不能行使请求权，那么诉讼时效可能未届满，法院会继续审理案件。
   • 若被告未提出时效抗辩： 如果被告未提出诉讼时效抗辩，法院不会主动适用诉讼时效规定进行裁判，而是会正常审理案件并根据案件事实和证据作出裁判。

3. 上诉阶段： 如果您在一审期间未提出诉讼时效抗辩，而在二审期间提出，法院一般不予支持。但如果您能提供新的证据证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间，法院会对该证据进行审查，若属实则可能支持您的抗辩。

4. 特殊情况处理：

   • 如果当事人之间存在特定的约定或者法律另有特别规定，即使案件超过了诉讼时效，法院也可能会根据这些约定或规定来处理案件。
   • 如果当事人在诉讼过程中自愿履行义务，即使超过了诉讼时效，法院也会认可其效力。

二、行政诉讼中超过诉讼时效的处理

在行政诉讼中，若当事人超过法定的起诉时效提起诉讼，法院通常会驳回其诉讼请求，除非存在正当理由导致时效中止、中断或延长。

1. 行政诉讼时效的基本规定： 根据《中华人民共和国行政诉讼法》，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出（法律另有规定的除外）。对于不动产案件，自行政行为作出之日起超过二十年提起诉讼的，人民法院不予受理；对于其他案件，这一期限为五年。

2. 超过行政诉讼时效的法律后果： 超过诉讼时效期间后起诉，若无法定正当理由，法院将认定原告丧失了获得法律强制保护的权利，即胜诉权。此时，法院会依法判决驳回原告的诉讼请求。但诉讼时效届满并不消灭当事人的起诉权，也不消灭其实体权利。

3. 正当理由导致的时效中止、中断或延长： 在行政诉讼中，因不可抗力或其他不属于当事人自身的原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。因人身自由受到限制而不能提起诉讼的，被限制人身自由的时间也不计算在起诉期间内。此外，公民、法人或其他组织因特殊情况耽误起诉期限，且在障碍消除后十日内申请延长期限的，由人民法院决定是否准许。

总结：

无论是民事诉讼还是行政诉讼，诉讼时效都是一项重要的法律制度。它旨在督促当事人及时行使权利，维护法律关系的稳定和秩序。因此，作为当事人，在提起诉讼前应仔细了解相关法律法规和司法解释的规定，确保自己的起诉未超过诉讼时效。同时，也应注意是否存在特殊情况或约定，以便更好地维护自己的合法权益。如果您对诉讼时效有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师。