对于超过诉讼时效期限的案件，法律有着明确的规定和处理方式。以下是对此问题的全面解答：

一、明确结论

超过诉讼时效期限的案件，法院会依法受理，但在审理过程中会主动审查诉讼时效问题。若被告提出诉讼时效抗辩且经审查成立，法院将判决驳回原告的诉讼请求。同时，也需注意某些特殊案件不受诉讼时效限制。

二、法律详细规定

1. 诉讼时效的基本规定：

   • 诉讼时效是指法律规定的，对当事人权利进行保护的有效期限。超过这一期限，当事人将丧失通过诉讼程序请求法律保护其民事权利的权利。
   • 根据相关法律规定，不同案件类型的诉讼时效期限有所不同，如一般民事案件的诉讼时效为三年。

2. 法院处理流程：

   • 受理阶段：即使案件超过诉讼时效，只要符合立案条件，法院仍应受理。
   • 审理阶段：法院在审理过程中会主动审查诉讼时效问题。若被告提出诉讼时效抗辩且法院经审查认为抗辩事由成立，将判决驳回原告的诉讼请求。若被告未提出抗辩，法院则不会主动适用诉讼时效规定进行裁判。

3. 特殊情况说明：

   • 某些特殊类型的案件不受诉讼时效限制，如请求停止侵害、排除妨碍、消除危险等案件，以及不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产的案件等。
   • 另外，若存在诉讼时效中断、中止或延长的特殊情况，如不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人没有法定代理人等原因导致不能行使请求权，诉讼时效可能未届满。

三、当事人应对策略

1. 被告方：

   • 发现案件超过诉讼时效时，应及时提出抗辩，以维护自身合法权益。

2. 原告方：

   • 面对超过诉讼时效的风险，应尝试与被告沟通，说明案件情况，争取其放弃诉讼时效抗辩。
   • 若无法争取被告放弃抗辩，应寻求和解或调解等更为务实的解决方式。

四、实例分析

假设甲向乙借款并约定还款期限，若乙在诉讼时效期满后才向法院起诉甲要求还款，甲可以以超过诉讼时效进行抗辩。若法院经审理查明该抗辩事由成立，将判决驳回乙的诉讼请求。

五、总结与建议

综上所述，处理超过诉讼时效的案件需遵循法院的处理流程和规则，同时根据案件具体情况和自身需求选择合适的应对策略。当事人应充分了解诉讼时效的相关规定及其影响，以维护自己的合法权益。在面临此类案件时，建议直接向我咨询以获取更具体的法律意见和帮助。