结论概述：超过三年的诉讼时效，法院的处理方式主要取决于被告是否提出诉讼时效抗辩。若被告提出抗辩，且法院查明诉讼时效确实已过，法院将驳回原告的诉讼请求；若被告未提出抗辩，或法院认为诉讼时效存在中止、中断等情形而未过，则法院会正常审理案件并作出判决。

详细分析：

1. 诉讼时效抗辩提出且成立的情况：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年（法律另有规定的，依照其规定）。若被告在诉讼中明确提出诉讼时效抗辩，并且法院经过审查确认诉讼时效期间已经届满，且不存在诉讼时效中止、中断等法定情形，那么法院将依据法律规定，驳回原告的诉讼请求。
   • 举例：假设甲在2018年1月1日借给乙10万元，约定还款期限为2018年12月31日。若甲在2022年1月1日之后才向法院起诉要求乙还款，且乙在诉讼中提出诉讼时效抗辩，法院在查明事实后，若认为诉讼时效已过，将驳回甲的诉讼请求。

2. 诉讼时效抗辩未提出或未成立的情况：

   • 若被告在诉讼中未提出诉讼时效抗辩，或者虽然提出但法院认为诉讼时效存在中止、中断等法定情形而未过，那么法院将正常审理案件，并根据事实和法律作出判决。
   • 诉讼时效中止：根据《民法典》第一百九十四条，在诉讼时效期间的最后六个月内，因特定障碍（如不可抗力、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人等）不能行使请求权的，诉讼时效中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
   • 诉讼时效中断：根据《民法典》第一百九十五条，有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：（一）权利人向义务人提出履行请求；（二）义务人同意履行义务；（三）权利人提起诉讼或者申请仲裁；（四）与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。
   • 举例：在上述例子中，如果甲在2021年12月1日向乙发出催款通知，且乙在通知上签字确认，这构成了诉讼时效的中断。此时，诉讼时效期间将重新计算，甲在2022年1月1日之后起诉，若乙提出诉讼时效抗辩，法院将不会支持，因为诉讼时效已经因中断而重新计算。

法律建议：

• 对于原告而言，应密切关注诉讼时效期间，确保在时效期间内提起诉讼或采取其他合法措施以中断或中止诉讼时效。
• 对于被告而言，若认为原告的诉讼请求已过诉讼时效期间，应及时在诉讼中提出抗辩，并提供相关证据支持其主张。
• 在任何情况下，都建议当事人咨询专业律师，以获取更具体、更个性化的法律建议。

可能法律后果：

• 若诉讼时效已过且被告提出抗辩，原告将面临败诉的风险，即其诉讼请求可能被法院驳回。
• 若诉讼时效未过或存在中止、中断等情形，法院将正常审理案件，并根据事实和法律作出判决，原告有可能获得胜诉。