结论前置：在民间借贷纠纷中，若超过三年诉讼时效，法院的判决将依据被告是否提出诉讼时效抗辩以及是否存在诉讼时效中断、中止等法定事由而定。具体来说：

1. 被告提出诉讼时效抗辩且抗辩成立：

   • 法律后果：若被告主张诉讼时效抗辩，并且经法院审查确认该抗辩成立，法院将判决驳回原告的诉讼请求。这意味着原告将丧失通过法律途径追讨借款的权利，尽管其起诉权本身并不受影响。
   • 举例：假设甲向乙借款，并约定了还款期限。还款期限已过三年后，乙才起诉要求甲还款。若甲在诉讼中提出诉讼时效抗辩，并且法院审查后确认该抗辩成立，那么法院将驳回乙的诉讼请求。

2. 被告未提出诉讼时效抗辩：

   • 处理方式：若被告未提出诉讼时效抗辩，法院通常不会主动审查和适用诉讼时效。法院将对案件进行正常的审理，根据双方提供的证据，审查借贷关系及还款情况，并依法作出判决。
   • 举例：在上述情境中，若甲未提出诉讼时效抗辩，且乙能提供充分证据证明借贷事实（如借条、转账记录等），法院将判决甲承担还款责任。

3. 存在诉讼时效中断、中止等法定事由：

   • 中断情形：根据《民法典》第一百九十五条，若存在权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等情形，诉讼时效将中断，并从中断、有关程序终结时起重新计算。
   • 中止情形：根据《民法典》第一百九十四条，在诉讼时效期间的最后六个月内，若因不可抗力、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人等障碍不能行使请求权的，诉讼时效将中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
   • 举例：若甲在诉讼时效期间内向乙出具还款承诺书，这构成诉讼时效的中断。乙在此后合理时间内起诉，法院将认定诉讼未超时效。

4. 特殊情况下诉讼时效的适用：

   • 明确约定还款期限：若借条或借款合同中明确约定了还款期限，债权人应在期限届满后三年内主张权利，否则适用三年诉讼时效规定。
   • 未约定或约定不明确：若借款双方未约定还款期限或约定不明确，债权人可以随时要求债务人履行债务。此时，适用二十年的最长诉讼时效期间。

总结与建议： 在处理民间借贷纠纷时，诉讼时效是关乎权利人能否成功追讨借款的关键问题。因此，建议债权人在借款发生后及时主张权利，并保留好相关证据（如借条、转账记录、催款记录等），以避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权的风险。同时，债务人也应积极履行还款义务，以减少不必要的法律纠纷。若你在民间借贷纠纷中遇到诉讼时效相关的问题，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律意见。