结论前置：当法院判决涉及过了诉讼时效的案件时，处理方式会因案件具体情况和当事人的行为而有所不同。以下是从债权人（权利人）和债务人（义务人）两个角度，结合法律程序和实际操作，给出的详细分析。
对于债权人（权利人）
尝试恢复诉讼时效
- 中断与中止的利用：债权人应仔细审查在诉讼时效期间内是否存在导致诉讼时效中断或中止的法定事由。例如，债权人曾向债务人发送催款函、短信或微信等，或者债务人同意履行义务等，这些都可能构成诉讼时效的中断。若能收集到相关证据，证明存在中断或中止情况，诉讼时效可重新计算或继续计算。
- 实例说明：假设债权人在诉讼时效期内曾通过邮件向债务人催款，并保留了邮件记录，这可以作为中断时效的证据，从而有可能使诉讼时效重新计算。
友好协商与重新达成协议
- 主动沟通：债权人可以与债务人进行友好沟通，提醒债务存在及还款约定。若债务人基于道德或商业信誉考虑愿意履行，双方可以达成新的还款协议或让债务人出具书面还款计划，此举可使诉讼时效重新起算。
- 实例：甲欠乙货款，诉讼时效已过，但经乙诚恳说明，甲承认债务并承诺还款，还写了书面承诺书，此时诉讼时效中断并重新计算。
法律救济途径
- 起诉权利：尽管超过诉讼时效，债权人仍有起诉的权利。法院会受理案件，并在审理过程中审查时效问题。
- 法院审查：如果债务人未提出诉讼时效抗辩，法院将正常审理案件并作出判决。若债务人提出抗辩，法院会根据具体情况进行审查，包括是否存在诉讼时效中止、中断等特殊情况，并可能基于公平原则等因素支持债权人的部分请求。
- 调解途径：债权人还可以考虑通过第三方调解机构或人民调解委员会进行调解，若对方在调解中承诺履行，同样具有法律效力。
对于债务人（义务人）
谨慎行使时效抗辩权
- 一审抗辩：如果债权人起诉，债务人在一审期间可以向法院提出诉讼时效抗辩，但需要提供证据证明债权已过诉讼时效。
- 二审限制：若债务人一审未提出诉讼时效抗辩，在二审期间提出的，法院通常不予支持，除非基于新的证据能够证明对方的请求权已过诉讼时效期间。因此，债务人应及时、正确地行使这一权利。
权衡利弊决定是否履行债务
- 道德和商业信誉：即使债权已过诉讼时效，从道德和商业信誉角度考虑，债务人也可以选择自愿履行债务。自愿履行后，债务人不能以诉讼时效已过为由要求债权人返还已履行的财产。
- 协商解决方案：如果债务人存在还款困难，可以与债权人协商，争取达成双方都能接受的解决方案，如延长还款期限、分期还款等，以维护良好的合作关系并避免不必要的纠纷和负面影响。
特殊情况与注意事项
- 当事人自愿履行：即使诉讼时效期间届满，如果义务人同意履行或已经自愿履行，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；已履行的部分不得请求返还。
- 保留证据：在整个过程中，无论是债权人还是债务人，都应保留好所有与债务和时效相关的证据，以便在需要时有力地支持自己的诉求。
- 法律咨询：鉴于诉讼时效问题的复杂性，建议当事人在处理相关事务时直接向我咨询，以获取更准确的法律建议和解决方案。
综上所述，当法院判决涉及过了诉讼时效的案件时，债权人和债务人都应根据自身情况和对方态度灵活选择处理方式。通过正确的应对措施和法律救济途径，仍有可能维护自己的合法权益。