结论：员工辞职不按流程，公司扣钱的合法性主要取决于扣钱的理由和方式是否符合法律法规。一般情况下，公司无故克扣员工工资是违法的；但在特定情况下，如员工违反服务期约定、竞业限制或给公司造成经济损失等，公司有权依法扣除相应款项。以下是对此问题的详细分析：

1. 不合法的情况

   • 随意克扣工资：根据《工资支付暂行规定》及《中华人民共和国劳动法》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司仅仅因为员工辞职不按流程就扣钱，没有合理依据和法律规定，这种做法是违法的。例如，员工虽未按照公司规定的流程提前通知辞职，但并未给公司造成实际损失，公司却无故扣除员工当月工资的一定比例，这侵犯了员工获得劳动报酬的权利。

   • 违法设定违约金：根据《劳动合同法》，除用人单位提供专项培训并约定服务期、保密及竞业限制两种法定情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。如果公司在不符合上述法定情形下，因员工辞职不按流程而扣钱作为违约金，是不合法的。

2. 合法的情况

   • 员工违反服务期约定：当用人单位为劳动者提供专项培训费用，并进行专业技术培训，同时与劳动者约定了服务期时，若劳动者在服务期未满时辞职且未按照约定流程通知公司，用人单位可以要求劳动者按约定支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

   • 违反竞业限制约定：若员工与公司签订了竞业限制协议，在离职后违反该约定，到与原单位有竞争关系的其他单位工作或自己开业从事同类业务，且未按照约定流程通知公司，公司有权要求员工支付违约金。

   • 员工给公司造成经济损失：如果员工在辞职过程中，因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，且未按照约定流程通知公司或未妥善交接工作导致损失扩大，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。具体计算公式为：每月可扣除金额 = 员工当月工资 × 20%，同时需确保扣除后的工资不低于当地月最低工资标准。

   • 公司有明确的规章制度：如果公司有经过民主程序制定并向员工公示的明确规章制度，规定在员工辞职不按流程时可扣除一定款项，且扣除方式符合法律法规，那么这种扣除可能是合法的。但公司需确保规章制度的合法性和合理性，并承担举证责任。

3. 员工权益保护

   • 如果公司无正当理由扣除了员工的工资，员工可以通过以下途径维护自己的权益：首先尝试与公司协商解决，要求返还被扣款项；向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门调查并处理；如果问题仍未解决，员工可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，要求公司支付被扣除的工资及相应的赔偿。

建议：作为员工，在辞职时应尽量按照公司规定的流程进行，以避免不必要的纠纷。如果公司存在违法行为或不合理要求，员工应勇敢维护自己的合法权益。同时，公司也应完善离职管理制度，明确双方的责任与权益，以保障双方的合法权益不受侵害。

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