结论：辞职时被扣2000元是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
一、合法扣除的情形
存在法定扣除事由：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 举例：若你因工作失误给公司造成了2000元以上的直接经济损失，且劳动合同中有明确约定，同时你当月的工资足够高，扣除2000元后仍不低于当地最低工资标准，那么公司扣除这2000元可能是合法的。
存在约定扣除事由：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了某些情况下可以扣除工资，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定扣除工资也可能是合法的。
- 举例：若劳动合同中约定，员工在离职时需支付一定金额的培训费用（且该培训费用未通过其他方式如服务期协议等得到补偿），且你确实接受了相关培训，那么公司扣除相应费用（在合理范围内）可能是合法的。但需注意，扣除的金额应合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
二、非法扣除的情形
无合法依据扣除：
- 如果公司扣除你2000元工资没有合法的依据，如没有劳动合同或规章制度的约定，也没有法律法规的支持，那么这种扣除就是非法的。
- 举例：若你只是正常辞职，没有给公司造成任何经济损失，也没有违反公司规章制度或劳动合同的约定，那么公司扣除你2000元工资就是非法的。
扣除金额超过法定限额：
- 即使存在法定或约定的扣除事由，公司扣除的金额也不得超过法定限额。如前所述，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 举例：若你当月的工资只有3000元，公司扣除2000元后，你剩余的工资只有1000元，低于当地最低工资标准，那么这种扣除就是非法的。
三、建议与行动
与公司沟通：
- 首先，你可以与公司进行沟通，了解扣除工资的具体原因和依据。如果公司能够提供合法的依据和合理的解释，你可以考虑接受；如果公司无法提供合法的依据或解释不合理，你可以进一步采取行动。
向劳动监察部门投诉：
- 如果公司非法扣除你的工资，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门会依法进行调查处理，并维护你的合法权益。
申请劳动仲裁：
- 如果投诉无果或你对处理结果不满意，你还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁。劳动仲裁机构会依法进行裁决，并保障你的合法权益得到实现。
总结：辞职时被扣2000元是否合法，需根据具体情况判断。如果公司能够提供合法的依据和合理的解释，且扣除金额未超过法定限额，那么这种扣除可能是合法的；否则，就是非法的。如果你对公司的扣除行为有异议，建议与公司沟通、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。