结论：公司在您提出离职申请六天且未办理离职手续的情况下，就清空工位、取消门禁，这一行为是否合法，需结合具体情况分析，一般情况下，若公司未提前告知且无合理理由，该行为可能不合法。以下从不同角度为您详细分析：
一、从劳动合同解除流程的角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者提出离职申请后，通常需要提前三十日以书面形式通知用人单位（在试用期内则需提前三日）。在这三十日（或三日）内，劳动者与用人单位的劳动关系仍然存续，用人单位应当继续履行劳动合同约定的义务，包括提供工作条件、支付工资等。
若您仍处于通知期内：即您提出离职申请后未满三十日（或试用期内未满三日），公司此时清空工位、取消门禁，可能构成对劳动合同的违反，因为这影响了您正常履行工作职责和享受劳动权益。
若您已超过通知期但公司未办理离职手续：理论上，超过通知期后，您与公司的劳动关系可能已视为解除（具体需看劳动合同或公司规章制度是否有特别约定）。但即便如此，公司也应在办理完离职手续后，再收回工作条件，如工位、门禁等。未办理离职手续就采取这些措施，同样可能不合法。
二、从公司规章制度的角度
公司内部规章制度也是判断其行为是否合法的重要依据。如果公司规章制度中明确规定了员工离职时的相关流程，包括工位清理、门禁取消等，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度执行可能是合法的。
若规章制度合法且您已知悉：如果公司规章制度中明确规定了离职流程，且您在入职时或离职前已知悉并同意这些规定，那么公司按照规章制度执行，即使您觉得不合理，也可能被视为合法。
若规章制度不合法或您不知悉：如果公司规章制度违反了法律法规的强制性规定，或者您从未知悉这些规定，那么公司依据这些规定采取的措施可能是不合法的。
三、从实际损害的角度
除了考虑法律程序和规章制度外，还需要考虑公司的行为是否给您造成了实际损害。如果公司的行为导致您无法正常工作、丢失重要文件或物品等，您有权要求公司承担相应的赔偿责任。
法律建议
与公司沟通：首先，建议您与公司进行沟通，了解公司为何采取这些措施，并要求公司按照法律法规和劳动合同约定履行义务。
保留证据：在沟通过程中，注意保留相关证据，如聊天记录、邮件、照片等，以备不时之需。
寻求法律援助：如果公司拒绝沟通或拒绝改正其行为，您可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
最后，劳动纠纷的处理往往涉及复杂的法律程序和证据收集，如果您在此过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。