结论前置：针对员工未离职但公司删除了其门禁权限的情况，公司应积极与员工协商处理，主要可以从明确删除原因、恢复门禁权限、协商补偿方案以及完善公司制度这几个角度入手。

1. 明确删除原因：

   • 公司首先需要明确为何会删除未离职员工的门禁权限。这可能是由于系统错误、人为操作失误，或者是基于某些管理决策（如员工岗位变动、部门调整等）。明确原因后，公司可以更有针对性地与员工进行沟通。
   • 法律背景：根据《劳动合同法》等相关法律法规，公司应保障员工的合法权益，包括工作环境的便利性和安全性。未经合法程序或合理理由，不得随意剥夺员工的门禁权限。

2. 恢复门禁权限：

   • 如果删除门禁权限是出于错误或非必要原因，公司应立即恢复员工的门禁权限，以确保员工能够正常进出工作场所，履行工作职责。
   • 法律建议：在恢复门禁权限的同时，公司可以向员工解释删除权限的原因，并表达歉意，以维护良好的劳动关系。

3. 协商补偿方案：

   • 如果删除门禁权限给员工造成了实际损失（如无法按时打卡导致工资扣除、因无法进入工作场所而产生的额外交通费用等），公司应与员工协商补偿方案。
   • 法律后果：根据《劳动合同法》及相关规定，公司因过错给员工造成损失的，应承担赔偿责任。因此，协商补偿方案是避免法律纠纷的重要步骤。
   • 具体操作：补偿方案可以包括补发工资、报销额外交通费用、提供其他形式的补偿等。双方应就补偿金额、支付方式等细节达成一致，并签订书面协议。

4. 完善公司制度：

   • 为避免类似情况再次发生，公司应完善门禁权限管理制度，明确门禁权限的授予、变更和撤销程序。
   • 制度要点：制度应规定在何种情况下可以删除员工的门禁权限（如员工离职、岗位变动等），以及删除权限前应履行的通知、协商等程序。同时，制度还应明确责任追究机制，对违规操作进行处罚。

进一步思考：在处理此类问题时，公司应注重与员工的沟通和协商，以维护良好的劳动关系。同时，公司也应加强内部管理，完善相关制度，避免类似情况再次发生。如果员工对公司的处理方案不满意或认为公司侵犯了其合法权益，员工可以通过劳动仲裁等途径维护自己的权益。因此，公司在处理此类问题时，应谨慎行事，确保合法合规。

最后，如果公司在处理此类问题时遇到任何法律疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。