结论前置：针对公司部门跨市搬迁、删除员工门禁并阻止进厂的情况，员工可以通过协商、投诉举报、申请劳动仲裁等途径来维护自身权益。

详细分析：

1. 协商与沟通：

   • 情况说明：首先，员工应尝试与公司进行协商，了解搬迁的具体原因、目的以及公司对于员工后续工作的安排。
   • 建议行动：员工可以书面或口头形式向公司表达自己的关切和诉求，如要求公司提供合理的交通补贴、住宿安排或调整工作地点等，以减轻因搬迁带来的不便。

2. 投诉举报：

   • 法律依据：根据《劳动合同法》等相关法律法规，公司单方面变更劳动合同内容（如工作地点）需与员工协商一致，否则可能构成违法。
   • 建议行动：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报公司的违法行为。投诉时，员工应提供相关证据，如劳动合同、门禁被删除的记录、与公司沟通的记录等，以支持自己的主张。

3. 申请劳动仲裁：

   • 情况说明：若投诉举报后问题仍未得到解决，员工可以考虑申请劳动仲裁。
   • 仲裁请求：员工可以要求公司继续履行原劳动合同（如恢复门禁、提供工作条件等），或者要求公司支付经济补偿金（如因公司违法行为导致员工被迫解除劳动合同）。
   • 准备材料：在申请劳动仲裁前，员工应准备好相关证据材料，包括劳动合同、工资单、门禁被删除的记录、与公司沟通的记录、投诉举报的回执等。
   • 仲裁流程：员工应按照当地劳动仲裁委员会的要求填写仲裁申请书，并提交相关证据材料。仲裁委员会将依法进行审理，并作出裁决。

4. 考虑解除劳动合同：

   • 法律依据：根据《劳动合同法》第三十八条，公司未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的，员工可以解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金。
   • 建议行动：若公司搬迁导致员工无法继续履行原劳动合同（如工作地点变更过大、交通不便等），且公司拒绝提供合理解决方案，员工可以考虑解除劳动合同，并依据法律规定要求公司支付经济补偿金。

后续行动建议：

• 在整个过程中，员工应保持冷静和理性，避免采取过激行为。
• 员工应密切关注公司的动态和当地劳动法律法规的变化，以便及时调整自己的维权策略。
• 若员工对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。

最后，面对公司部门跨市搬迁、删除员工门禁并阻止进厂的情况，员工应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。