工厂跨市搬迁时，员工可以通过申请劳动仲裁、与用人单位协商等方式来维护自己的权益。具体分析如下：
一. 申请劳动仲裁
- 劳动仲裁的适用性：工厂跨市搬迁可能引发劳动关系变动，如岗位调整、工作地点变更等。员工有权就此提出仲裁申请，以应对因搬迁导致的劳动争议。《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》明确规定了劳动争议的受理范围，包括因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同等发生的争议。
- 保留证据的重要性：若因搬迁导致工作条件变化、薪酬待遇减少等问题，员工应保留相关证据，如劳动合同、工资单、搬迁通知等，以便在仲裁过程中举证。
二. 与用人单位协商
- 直接协商：员工可以直接与用人单位就搬迁后的工作岗位、工作条件、薪酬待遇等关键问题进行沟通，尝试达成双方都能接受的解决方案。
- 工会介入：员工可以请求工会介入协商过程，利用工会的力量为员工争取更有利的条件。
- 第三方机构参与：员工还可以考虑邀请第三方机构，如劳动调解委员会、行业协会等，共同参与协商，以促进双方之间的沟通与理解，寻求更加公正合理的解决方案。
三. 法律依据与综合考量
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十九条，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。如果公司未经员工同意就单方面调换工作地点，可能构成违约。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。在协商过程中，员工可以提出自己的合理诉求。
- 原则上，单位变更工作地点应当与劳动者协商一致。若双方客观上不能达成一致意见，劳动者是否有权拒绝应结合劳动合同约定、搬迁的必要性、给员工造成的不便程度、用人单位是否采取补救措施以及薪资是否变化等因素综合考量。
我建议，在面对工厂跨市搬迁时，员工应首先尝试与用人单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果协商无果，可以依法申请劳动仲裁来维护自己的权益。同时，保留好相关证据是维权成功的关键。如有进一步需要，您可以继续咨询我。