厂房跨区搬迁对员工的补偿问题，主要依据《劳动合同法》的相关规定以及劳动合同中的具体条款来确定。以下是对这一问题的详细解答：
一、补偿的基本原则
劳动合同约定：首先，要查看劳动合同中是否有关于工作地点变更、搬迁补偿等条款的约定。如果合同中有明确约定，应按照合同约定执行。
客观情况变化：如果劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，且用人单位与劳动者无法就变更劳动合同内容达成协议，用人单位可以解除劳动合同，并依法支付经济补偿金。
二、补偿的具体标准
经济补偿金：
- 如果员工因厂房搬迁而选择离职，且符合上述客观情况变化导致合同无法履行的条件，用人单位应支付经济补偿金。
- 经济补偿金的标准通常按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
安置费：
- 如果员工选择跟随工厂搬迁到新工作地点，用人单位可能需要支付一定的拆迁安置费，具体金额和支付方式应双方协商确定。
其他补偿：
- 除了经济补偿金和安置费，用人单位还可能需要根据实际情况支付其他相关费用，如搬迁费用、临时住宿费用等。
三、特殊情况的处理
社保关系处理：
- 在企业各项保险未实现市级统筹前，搬迁企业的社会保险帐户可以继续保留在原参保地，也可在新注册地开立新的社会保险帐户。员工的社会保险关系可继续留在原参保地，或选择在新注册地参保。
特殊员工的保护：
- 对于在本单位连续工作满15年且距法定退休年龄不足5年的员工，用人单位不得解除劳动合同。
四、搬迁前的通知与协商
- 工厂在搬迁前需要提前三十日通知员工，并与员工就搬迁事宜进行协商。如果搬迁对员工正常生活造成重大影响，需要与员工协商一致变更劳动合同约定的工作地点。
综上所述，厂房跨区搬迁对员工的补偿问题涉及多个方面，包括经济补偿金、安置费、社保关系处理等。用人单位应依法依规处理搬迁事宜，确保员工的合法权益得到保障。同时，员工也应了解自己的权益和义务，在搬迁过程中与用人单位进行积极沟通和协商。