公司扣了个人所得税但未缴纳给税务机关的行为不合法，具体分析如下：
法律关系与义务主体
根据《个人所得税法》第九条及《税收征收管理法》第四条，个人所得税以支付所得的单位（即公司）为扣缴义务人。公司代扣税款后，必须在次月15日前将税款缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。这是公司的法定义务，不得以任何理由拖延或截留。
违法后果与责任承担
- 对公司的处罚：若公司未按时缴纳税款，税务机关可责令限期改正，并处欠缴税款50%至5倍的罚款（《税收征收管理法》第六十八条）。若构成逃税，还可能面临刑事责任（《刑法》第二百零一条）。
- 对个人的风险：虽然税款最终由个人承担，但公司未代缴可能导致个人信用受损（如被列入欠税名单），甚至影响未来贷款、出国等。此外，若公司长期不缴，税务机关可能直接向个人追缴税款及滞纳金。
- 维权路径与建议
- 与公司协商：要求公司出具已代缴税款的证明（如完税凭证），或通过个人所得税APP查询自己的纳税记录（需绑定公司税号）。
- 向税务机关举报：若公司拒不改正，可拨打12366纳税服务热线或通过当地税务局官网举报，税务机关将介入调查并强制执行。
- 申请劳动仲裁：若公司因此克扣工资（如将税款从工资中扣除但未缴纳），可主张公司补发工资并支付经济补偿（《劳动合同法》第三十八条）。
行动建议：
- 立即通过个人所得税APP核对纳税记录，确认公司是否已代缴；
- 若未缴纳，书面要求公司限期补缴并保留证据（如邮件、聊天记录）；
- 若公司拒绝，果断向税务机关举报或申请劳动仲裁，避免延误维权时机。
如有进一步证据或细节需要分析，可随时向我补充说明。