结论前置：
- 公司代扣代缴个人所得税合法，但拒开发票可能违法。
- 若公司未履行代扣代缴义务，则同时涉嫌违法。
具体分析：
一、公司代扣代缴个人所得税的合法性
根据《中华人民共和国个人所得税法》第十一条规定：“居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款”。因此，公司作为扣缴义务人，代扣代缴员工个人所得税是合法的，也是其法定义务。
二、公司拒开发票的违法性
发票的开具要求：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条规定：“销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票”。
- 在公司代扣代缴个人所得税的场景中，虽然直接的服务或商品交易可能不存在于公司与员工之间（税款是代扣代缴），但若公司收取了员工应缴纳的税款（实际上是通过工资扣除的方式），从广义上讲，这涉及到了“收取款项”的行为。然而，严格意义上，个人所得税的代扣代缴并不直接对应发票的开具，因为这不是一项商品或服务的交易。但此处我们讨论的是公司若以任何形式（如额外收费、服务费等）收取了费用却拒开发票，则构成违法。
拒开发票的后果：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十五条规定：“违反本办法的规定，有下列情形之一的，由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收：……（六）以其他凭证代替发票使用的；……”。若公司拒开发票或以其他凭证代替发票，将面临税务机关的处罚。
三、公司未履行代扣代缴义务的违法性
- 若公司未按照法律规定代扣代缴员工个人所得税，则根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十九条规定：“扣缴义务人应扣未扣、应收而不收税款的，由税务机关向纳税人追缴税款，对扣缴义务人处应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款”。
行动建议：
- 对于员工：若公司存在拒开发票或未履行代扣代缴义务的情况，可以向当地税务机关举报，维护自身合法权益。
- 对于公司：应严格遵守税收法律法规，履行代扣代缴义务，并在涉及收取款项时依法开具发票，避免法律风险。