公司收取个人经营所得发票是否合法，需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若个人经营所得发票真实、合法且与业务相关，公司收取是合法的
   根据《中华人民共和国发票管理办法》及税法相关规定，个人作为经营主体（如个体工商户、个人独资企业或自然人从事临时经营）在发生真实交易后，可向税务机关申请代开或自行开具合法发票。公司若与该个人存在真实业务往来（如采购商品、接受服务），且发票内容与实际交易一致（如品名、金额、数量等），则收取该发票用于财务核算、税前扣除等是合法的。
   关键点：发票需符合“真实性、合法性、关联性”原则，即交易真实发生、发票形式合法（如税务机关代开或个人通过电子税务局开具）、与业务直接相关。

2. 若个人经营所得发票存在虚假或违规情形，公司收取则可能违法
   若发票存在以下问题，公司收取可能面临法律风险：

   • 虚开发票：个人未发生实际交易，通过伪造、变造、虚构交易等方式开具发票（如“富余票”买卖），或开具与实际业务不符的发票（如金额、品名不符）；
     
   • 非法代开：个人未通过税务机关合法代开，而是通过第三方非法途径获取发票；
     
   • 发票形式不合法：如使用过期发票、未加盖发票专用章、发票内容与税目不符等。
     法律后果：公司若明知或应知发票违法仍收取，可能被税务机关认定为“取得不合规发票”，面临补缴税款、滞纳金、罚款（如《税收征收管理法》第六十四条），甚至涉嫌“虚开发票罪”（若金额较大，根据《刑法》第二百零五条）。

3. 公司需履行审核义务，否则可能承担连带责任
   即使发票由个人提供，公司作为接收方仍有义务审核发票的合法性，包括：

   • 核对发票信息与实际业务是否一致；
     
   • 验证发票真伪（可通过税务机关网站查询）；
     
   • 留存交易合同、付款凭证等佐证材料。
     风险提示：若公司未尽审核义务，导致税务机关认定其“善意取得”虚开发票，虽可能免于刑事处罚，但仍需补缴税款及滞纳金；若被认定为“恶意取得”，则可能面临更严厉处罚。

建议：公司收取个人经营所得发票时，务必要求个人提供完整交易资料（如合同、付款记录、物流单据等），并通过税务机关渠道验证发票真伪。若对发票合法性存疑，可拒绝接收并要求个人重新开具合规发票。如有具体业务场景或发票问题，可直接向我咨询，我会结合细节进一步分析。