结论：公司因员工未提供病历证明而直接将一天病假视为缺勤并扣除219元，这一做法是否合理，需结合具体情况及公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的角度
规章制度合法性：
- 公司有权制定规章制度来管理员工，包括病假管理。但这些规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定，并向员工公示或告知。
- 如果公司规章制度中明确规定了病假需提供病历证明，且该规定合法有效，那么员工未提供病历证明时，公司有权按照规章制度处理。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的法律文件。如果劳动合同中明确约定了病假的相关条款，包括是否需要提供病历证明以及未提供时的处理方式，那么双方应按照劳动合同的约定执行。
二、法律法规的角度
病假权利：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等相关法律法规，员工享有病假权利，且在医疗期内，公司不得随意解除劳动合同或降低工资待遇。
- 病假期间，员工应享受病假工资或疾病救济费，具体标准可能因地区而异，但通常不会低于当地最低工资标准的80%。
病历证明要求：
- 法律法规并未明确规定员工请病假必须提供病历证明。这一要求通常是由公司规章制度或劳动合同约定的。
- 如果公司要求提供病历证明，但员工因特殊原因无法提供（如急诊未及时开具、病历遗失等），公司应给予员工合理的解释和补正机会，而不是直接视为缺勤。
三、具体处理建议
核实公司规章制度：
- 员工应首先核实公司规章制度中关于病假和病历证明的具体规定，以及这些规定是否合法有效。
与公司沟通：
- 如果员工认为公司的处理方式不合理，可以与公司进行沟通，说明情况并提供合理的解释或补正材料（如后续补开的病历证明）。
申请劳动仲裁：
- 如果沟通无果，员工可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司撤销不合理的扣款决定，并支付应得的病假工资或疾病救济费。
四、关于扣款金额的合理性
- 扣款金额219元是否合理，需结合员工的工资水平、当地最低工资标准以及公司规章制度中的具体规定来判断。
- 如果扣款金额过高，超过了法律法规或公司规章制度规定的范围，员工有权提出异议并申请劳动仲裁。
总结与建议：公司因员工未提供病历证明而直接将一天病假视为缺勤并扣除219元的做法是否合理，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规来综合判断。如果员工认为公司的处理方式不合理，可以与公司进行沟通或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。