结论：公司扣病假100元是否合理，需结合具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法、病假工资支付是否符合法律规定。以下从不同角度详细分析：
一、公司规章制度角度
规章制度合法性：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司规章制度中明确规定了病假期间的工资支付标准，且该规章制度经过了上述民主程序制定，并向劳动者进行了公示或告知，那么该规章制度对劳动者具有约束力。
- 若规章制度合法且明确规定了扣100元的情况：则公司扣病假100元可能是合理的，但还需进一步判断该规定是否违反了法律法规的强制性规定。
规章制度内容合法性：
- 即使规章制度经过了民主程序制定，其内容也不得违反法律法规的强制性规定。例如，病假工资不得低于当地最低工资标准的80%（具体比例可能因地区而异，需参照当地规定）。
- 若规章制度内容违法：如规定病假期间工资为零或远低于法定标准，则该规定无效，公司扣病假100元的行为可能不合法。
二、病假工资支付角度
法定病假工资标准：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》及各地相关实施细则，病假工资通常不得低于当地最低工资标准的80%。具体比例可能因地区而异，需参照当地规定。
- 若劳动者工资高于当地最低工资标准：且公司规章制度或劳动合同中未对病假工资进行特别约定，则公司应按照劳动者正常工资的一定比例（如70%、80%等，具体比例可能因公司政策或地区规定而异）支付病假工资。
- 若公司扣100元后病假工资仍高于法定标准：则公司扣病假100元的行为可能不违法，但需确保该扣减行为符合公司规章制度且未损害劳动者合法权益。
扣减工资的合法性：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 若公司扣100元并非基于劳动者造成经济损失：而是作为病假期间的某种“惩罚”或“管理费”，则该扣减行为可能缺乏法律依据，不合法。
三、建议与行动
核查公司规章制度：
- 劳动者应首先核查公司规章制度中关于病假工资支付和扣减的规定，判断其是否合法且经过民主程序制定。
与公司沟通协商：
- 若认为公司扣病假100元的行为不合法或不合理，劳动者可与公司进行沟通协商，要求公司说明扣减依据并出示相关规章制度。
申请劳动仲裁：
- 若沟通协商无果，劳动者可向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付被扣减的病假工资及可能的经济补偿。
咨询专业律师：
- 在整个过程中，劳动者如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和协助。
总结：公司扣病假100元是否合理，需结合公司规章制度是否合法、病假工资支付是否符合法律规定以及扣减行为是否基于合法原因等多方面因素进行判断。劳动者在遇到此类情况时，应首先核查公司规章制度，与公司沟通协商，并在必要时申请劳动仲裁或咨询专业律师。