员工自动离职的，工资仍应按照实际工作天数和劳动合同约定的标准进行计算和支付。具体分析如下：
工资计算原则
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者提供劳动后，用人单位应当按照劳动合同约定的标准支付劳动报酬。员工自动离职，即未经用人单位同意擅自离职，并不影响其已提供劳动部分的工资支付义务。因此，用人单位应按照员工实际工作的天数，结合劳动合同中约定的工资标准，计算并支付应得工资。
特殊情况处理
- 未提前通知的损害赔偿：若员工未按照劳动合同约定或法律规定提前通知用人单位即擅自离职，给用人单位造成损失的，用人单位有权要求员工承担赔偿责任。但该赔偿责任与工资支付是两个独立的法律关系，用人单位不得以此为由克扣或拖欠员工工资。
- 劳动合同或规章制度中的约定：若劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定了员工自动离职的处理方式（如扣除部分工资作为违约金等），需注意该约定是否符合法律规定。根据《劳动合同法》第二十五条，除法定情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，非法定情形的违约金约定可能无效，用人单位不得据此克扣工资。
操作建议
- 用人单位：应保留员工实际工作天数的记录（如考勤表、工作记录等），以便在支付工资时作为依据。若员工自动离职给用人单位造成损失，应通过合法途径（如劳动仲裁或诉讼）主张赔偿，而非直接克扣工资。
- 员工：若用人单位未依法支付工资，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。
总结：员工自动离职的，工资应按实际工作天数和劳动合同约定支付，用人单位不得随意克扣。若存在争议，建议通过法律途径解决。如有其他疑问，可直接向我咨询。