员工自行离职时，其工资的结算是一个涉及法律法规和双方权益的重要问题。以下是对这一问题的详细解答：
一、工资计算与支付原则
按实际出勤天数计算：
- 员工自行离职后，用人单位应根据其实际出勤的天数来计算工资。这通常是通过将月工资收入除以月计薪天数（一般为21.75天）来得出日工资，再乘以实际出勤天数来计算应得工资。
包括各项应得收入：
- 工资计算应全面涵盖基本工资、绩效工资（如适用）、加班工资、奖金、津贴等各项应得收入。用人单位不得随意降低工资计算标准或克扣员工应得的工资。
一次性付清原则：
- 根据相关法律法规，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资。即使员工是自行离职，用人单位也需在完成工作交接或确定实际工作情况后及时结算工资。
二、特殊情况处理与扣除项目
未办理离职手续：
- 员工自行离职虽属擅自离岗，但用人单位仍应按法律规定结算工资。用人单位可以要求员工回来办理离职手续，完成工作交接。若员工拒绝，用人单位应书面通知相关后果并保留证据，但不得以此为由克扣工资。
经济损失赔偿：
- 若员工自行离职给用人单位造成直接经济损失，如未完成工作导致的额外费用、损坏公司财物等，用人单位有权要求赔偿。但赔偿金额需有充分证据支持，且每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
其他合法扣除项目：
- 若员工有未归还的公司财物、借款等，用人单位可依据相关规定进行相应扣除。但需确保扣除项目合法合规，并有明确的证据支持。
三、法律保障与建议
遵守法律法规：
- 用人单位在结算自行离职员工工资时，必须严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。任何克扣或无故拖欠工资的行为都是违法的。
员工权益维护：
- 员工在离职前应尽可能提交书面辞职申请并办理离职手续，以便公司顺利进行工资结算和社保账户转移。若员工认为工资结算存在不合理之处，可通过向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等合法途径维护自身权益。
建议与沟通：
- 对于员工自行离职的情况，建议用人单位与员工进行积极沟通，了解离职原因，并尽量协商解决工资结算等问题。这有助于维护良好的劳动关系，避免不必要的法律纠纷。
综上所述，员工自行离职时，用人单位应按其实际出勤天数计算并支付工资，同时考虑可能的扣除项目，但不得违反法律规定克扣工资。员工也应了解自身权利与义务，遵守法律规定和劳动合同约定，以避免不必要的法律后果。