公司因卫生检查不合格一次就扣50-100元，这种做法通常是不合理的。以下从几个角度为你详细分析：

1. 从法律规定角度：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 在你描述的情况中，公司因卫生检查不合格而扣款，这并不直接等同于劳动者给用人单位造成了经济损失。除非公司能证明卫生不合格直接导致了具体的经济损失，并且这种损失与扣款金额相当，否则这种扣款行为可能缺乏法律依据。

2. 从公司规章制度角度：

   • 公司有权制定内部规章制度来管理员工，但这些规章制度必须合法、合理，并且经过民主程序制定，同时告知员工。
   • 如果公司规章制度中明确规定了卫生检查不合格的扣款标准，并且这一标准符合法律法规的规定，同时员工在入职时已经知晓并同意，那么公司按照规章制度执行扣款可能是合法的。但即便如此，扣款金额也应合理，不能过分高于实际损失或违反法律法规的强制性规定。

3. 从实际操作角度：

   • 即使公司规章制度中有相关规定，但在实际操作中，公司也应谨慎行使扣款权利。频繁或过度的扣款可能会影响员工的工作积极性和团队氛围，甚至可能引发劳动争议。
   • 如果员工对扣款行为有异议，他们有权向公司提出申诉或寻求法律援助。在这种情况下，公司需要提供充分的证据来证明扣款行为的合法性和合理性。

建议：

• 如果你认为公司的扣款行为不合理或违法，你可以先与公司进行沟通，表达你的异议和理由。
• 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。