在行政案件中，经调查后没有违法事实的，应当撤销立案，而不是不予处罚。以下是对这一问题的详细分析：

一、撤销立案的法律依据与理由

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政机关在立案后，经过调查，如果发现没有违法事实或者违法事实不能成立的，应当作出不予行政处罚的决定，但在此之前，更关键的是要撤销立案。因为立案是行政处罚程序的一个启动环节，如果立案后发现没有违法事实，那么继续推进处罚程序就失去了基础。
   • 具体来说，虽然直接的法律条款可能并未明确提及“撤销立案”，但根据行政处罚法的立法精神和原则，以及行政程序的基本要求，可以合理推断出，在立案后发现无违法事实时，应当撤销立案。

2. 理由阐述：

   • 撤销立案是对行政程序的一种纠正，它表明行政机关在立案后进行了认真的调查，并发现了立案所依据的事实并不存在或不足以支持立案。
   • 撤销立案也是对当事人权益的一种保护，它避免了当事人因无根据的立案而遭受不必要的困扰和损失。

二、不予处罚与撤销立案的区别

1. 不予处罚：

   • 不予处罚是在行政机关已经认定当事人有违法行为，但根据法律规定或情节轻微等原因，决定不对其进行处罚的情况。
   • 在不予处罚的情况下，行政机关已经完成了对违法行为的认定，只是出于某种原因不给予处罚。

2. 撤销立案：

   • 撤销立案则是在行政机关立案后，经过调查发现没有违法事实或违法事实不能成立，因此决定撤销该立案的情况。
   • 在撤销立案的情况下，行政机关并未完成对违法行为的认定，因为根本就不存在违法行为。

三、实际操作中的建议

1. 行政机关应严格依法办事：

   • 行政机关在立案后，应认真进行调查，确保事实清楚、证据确凿。
   • 如果发现没有违法事实或违法事实不能成立，应及时撤销立案，避免对当事人造成不必要的困扰。

2. 当事人应了解自身权益：

   • 如果当事人被行政机关立案调查，但认为自身并未违法，应积极配合调查，并提供相关证据。
   • 如果行政机关最终决定撤销立案，当事人可以要求行政机关出具书面决定，以保障自身权益。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果当事人对行政机关的决定有异议，或者认为行政机关在处理过程中存在违法行为，可以寻求法律帮助，维护自身合法权益。

总结来说，在行政案件中，经调查后没有违法事实的，行政机关应当撤销立案。这是行政程序的基本要求，也是对当事人权益的保护。如果当事人对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。