在行政处罚立案后，若发现不存在违法事实，行政机关应作出不予处罚决定，而非直接撤销案件。不过，撤销案件与作出不予处罚决定在特定情境下存在相似性，但法律程序和适用情形有所不同，以下从不同角度进行分析：

一、法律程序与适用情形

1. 不予处罚决定

   • 法律依据：根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第九十五条，治安案件调查结束后，若违法事实不能成立，应作出不予处罚决定。此原则同样适用于其他类型的行政处罚案件。
   • 适用情形：当行政机关经过调查，确认当事人并未实施被指控的违法行为，或现有证据无法充分证明当事人存在违法事实时，应作出不予处罚决定。
   • 程序要求：不予处罚决定应以书面形式通知当事人，详细阐述不予处罚的理由和法律依据，并保障当事人的陈述权、申辩权。

2. 撤销案件

   • 法律依据：虽然《中华人民共和国行政处罚法》等法律法规未直接规定“撤销案件”的具体程序，但行政机关在立案后发现案件不应继续处理时，可依法定程序终止调查并撤销案件。
   • 适用情形：撤销案件通常适用于立案后发现案件不属于行政机关管辖范围、当事人死亡且无继承人或受遗赠人、或者案件已超过追责时效等情形。不过，若仅因不存在违法事实而终止调查，更倾向于作出不予处罚决定。
   • 程序要求：若需撤销案件，行政机关应进行内部审查，确认撤销的合法性，并制作撤销决定书，明确载明案件信息、撤销理由、决定日期等内容，并加盖行政机关印章。同时，应将撤销决定及时送达当事人，并告知其相关权利。

二、实际操作中的选择

1. 不存在违法事实时的处理

   • 在实际操作中，当行政机关立案后发现不存在违法事实时，更倾向于作出不予处罚决定。这是因为不予处罚决定直接针对当事人的行为性质进行判定，更符合行政处罚的立法目的和原则。
   • 作出不予处罚决定后，行政机关应将案件材料归档保存，以备后续查询。同时，应确保当事人的合法权益得到充分保障，如告知其不予处罚的理由和法律依据，以及其享有的陈述权、申辩权等。

2. 撤销案件的特殊情形

   • 尽管在不存在违法事实时更倾向于作出不予处罚决定，但在某些特殊情形下，如案件已超过追责时效、当事人死亡且无继承人或受遗赠人等，行政机关可能选择撤销案件。
   • 撤销案件时，行政机关应严格遵守法定程序，确保决定的合法性和公正性。同时，应避免滥用职权或随意撤销案件，以维护法律的权威性和严肃性。

三、建议与注意事项

1. 严格依法办事

   • 行政机关在处理行政处罚案件时，应严格遵守法律法规的规定，确保决定的合法性和正当性。无论是作出不予处罚决定还是撤销案件，都应有充分的法律依据和事实支持。

2. 保障当事人权益

   • 在处理案件过程中，行政机关应充分尊重并保护当事人的合法权益，如知情权、陈述权、申辩权等。确保当事人在调查过程中的参与度和话语权，增强行政处罚的公正性和透明度。

3. 加强内部监督与培训

   • 行政机关应建立健全内部监督机制，定期检查评估执法行为。同时，加强执法人员培训和管理，提高业务素质和法律意识，确保执法行为的规范性和准确性。

综上所述，行政处罚立案后发现不存在违法事实时，行政机关应作出不予处罚决定。不过，在特定情形下，如案件已超过追责时效等，行政机关也可能选择撤销案件。无论选择哪种方式处理案件，都应严格遵守法律法规的规定，确保决定的合法性和正当性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。