行政处罚立案后发现事实不清的，应当依法采取补充调查、撤销案件或变更处罚措施等处理方式。具体分析如下：

1. 补充调查以查清事实
   根据《行政处罚法》第五十六条，行政机关在立案后发现案件事实不清、证据不足的，应当继续调查取证。调查方式包括询问当事人、收集物证、书证、视听资料、电子数据等，必要时可委托第三方机构进行鉴定或勘验。例如，若对违法行为的具体金额存在争议，可通过调取财务记录、交易凭证等补充证据。
   法律依据：《行政处罚法》第五十六条明确要求行政机关全面、客观、公正调查，收集与案件有关的证据。

2. 事实仍无法查清时的处理
   若经补充调查后仍无法证明违法事实存在，或证据不足以支持处罚决定的，行政机关不得作出行政处罚，并应依法撤销案件。例如，在环保处罚中，若无法证明企业排放超标与环境污染的因果关系，则不得处罚。
   法律依据：《行政处罚法》第四十条明确规定“公民、法人或者其他组织违反行政管理秩序的行为，依法应当给予行政处罚的，行政机关必须查明事实；违法事实不清、证据不足的，不得给予行政处罚”。

3. 事实部分不清时的处理
   若部分事实清楚、证据充分，但另一部分事实存疑的，行政机关应仅对已查清的部分依法处罚，对存疑部分不予认定。例如，在税务处罚中，若企业部分收入未申报的证据确凿，但其他收入存在争议，则仅对确凿部分补缴税款及罚款。
   法律依据：《行政处罚法》第五条第二款要求“设定和实施行政处罚必须以事实为依据，与违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相当”，即遵循“过罚相当”原则。

4. 程序瑕疵的补正
   若事实不清是由于调查程序违法（如未依法告知当事人权利、未听取陈述申辩等），行政机关应先补正程序，再重新调查事实。例如，在市场监管处罚中，若未依法送达《行政处罚告知书》，需先补正送达程序，再继续调查。
   法律依据：《行政处罚法》第四十四条、第六十二条对程序合法性作出明确要求，程序违法可能导致处罚决定被撤销。

总结：行政处罚立案后发现事实不清的，核心原则是“以事实为依据，以法律为准绳”。行政机关应优先补充调查，若仍无法查清则不得处罚；部分事实清楚的可部分处罚；程序违法的需先补正程序。若您遇到此类问题，可直接向我咨询具体案件细节，我将结合证据材料为您分析处理方案。