针对您提出的“刑事案件部分违法事实不清怎么处理”的问题，这是一个涉及刑事诉讼程序和法律原则的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、刑事案件部分违法事实不清的基本处理原则
在刑事案件中，如果部分违法事实不清，司法机关通常会遵循“疑罪从无”和“证据充分”的原则进行处理。这意味着，如果证据不足以证明犯罪嫌疑人的某部分违法事实，那么这部分事实将不能作为定罪的依据。
二、不同诉讼阶段的处理方式
侦查阶段：
- 侦查机关在发现部分违法事实不清时，可能会要求进行补充侦查，以进一步查明事实。
- 补充侦查以两次为限，每次期限为一个月。如果经补充侦查后，仍然事实不清、证据不足，侦查机关可能会考虑撤销案件或作出其他处理。
审查起诉阶段：
- 检察院在审查起诉时，如果认为部分违法事实不清、证据不足，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
- 如果经补充侦查后，仍然不符合起诉条件，检察院应当作出不起诉的决定。此时，犯罪嫌疑人应被立即释放。
审判阶段：
- 法院在审理案件时，如果认为部分违法事实不清、证据不足，不能认定被告人有罪，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
- 法院遵循“疑罪从无”原则，确保被告人的合法权益不受侵害。
三、后续可能的申诉与再审
- 如果在后续过程中发现了新的证据，足以证明之前不清的违法事实，那么可以重新启动追诉程序或申请再审。
- 嫌疑人、被告人或其法定代理人、近亲属、辩护人也有权在符合法律规定的情况下，提出申诉或申请再审。
四、对司法实践的建议
- 侦查机关：应全面、细致地收集证据，确保犯罪事实清晰、证据确实充分。避免因为证据不足而导致案件处理困难。
- 检察机关：应严格审查证据，对证据不足的案件依法作出处理。同时，加强与侦查机关的沟通与协作，共同提高案件质量。
- 法院：在审理案件时，应坚持“以事实为依据，以法律为准绳”的原则，确保判决的公正性和合法性。
五、总结与提醒
刑事案件部分违法事实不清是一个复杂且关键的法律问题。它涉及到刑事诉讼程序的多个环节和法律原则的应用。因此，在处理此类案件时，司法机关应严格遵循法律规定和程序要求，确保案件的公正处理。同时，作为公民或当事人，我们也应了解自己的权利和义务，在必要时寻求法律帮助和保护。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。