在刑事案件中，若出现事实不清的情况，处理方式会根据案件所处的不同阶段而有所区别，以下是详细说明：
侦查阶段
- 补充侦查：公安机关在侦查过程中，如果发现案件事实不清、证据不足，可以将案件退回补充侦查，或者自行进行补充侦查。补充侦查的期限一般为一个月，以一个月为限，可以补充侦查两次。通过进一步的调查取证，如询问证人、勘验现场、鉴定物证等，来查清案件事实，收集更多、更充分的证据。
- 撤销案件：经过补充侦查后，如果仍然认为证据不足，不能认定犯罪嫌疑人构成犯罪的，公安机关应当作出撤销案件的决定。这意味着案件不再继续进行刑事诉讼程序，犯罪嫌疑人将恢复无罪状态，不再受到刑事追究。
审查起诉阶段
- 退回补充侦查：人民检察院在审查公安机关移送起诉的案件时，如果认为案件事实不清、证据不足，可以将案件退回公安机关补充侦查。同样，补充侦查以两次为限，每次期限为一个月。公安机关补充侦查完毕后，重新移送人民检察院审查起诉。
- 自行补充侦查：人民检察院也可以自行进行补充侦查，直接收集、调取证据，以查明案件事实。自行补充侦查体现了检察机关对案件质量的把控和主动监督的职能。
- 作出不起诉决定：经过一次或两次补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。不起诉决定分为法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三种情形，其中证据不足不起诉就是针对事实不清、证据不足的案件作出的处理。
审判阶段
- 建议补充侦查：在法庭审理过程中，如果审判人员认为案件事实不清、证据不足，可以建议人民检察院补充侦查。人民检察院应当在一个月内补充侦查完毕，并将补充侦查的情况告知人民法院。
- 作出无罪判决：经过法庭审理，如果合议庭认为案件事实不清、证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出无罪判决。这是“疑罪从无”原则在审判阶段的体现，即在没有充分证据证明被告人有罪的情况下，应当推定被告人无罪，保障其合法权益。
总结：刑事案件事实不清时，在不同阶段有不同的处理方式，但核心目的都是确保案件事实清楚、证据确实充分，保障司法公正和当事人的合法权益。如果你有进一步的疑问或需要更详细的解释，可以直接向我咨询。