当案件在立案后查清并确认符合事实时，通常意味着该案件已经满足了“案情简单、经过初步核实已查清主要职务违法事实，且不再需要开展进一步调查”的条件。针对这种情况，我们可以按照以下步骤和原则来处理：
一、确认案件性质与适用程序
首先，需要明确该案件是否属于“案情简单”的范畴。这通常涉及对事实证据、处理档次以及被审查调查人态度认识的综合考量。如果案件事实清楚、证据确实充分，且证据均系合法取得，那么该案件就可能符合立案并移送审理的程序要求。
二、立案并移送审理的具体流程
事实材料见面与检讨反思材料：
- 在初步核实工作后期，及时形成违纪违法事实见面材料，并按规定报经主要领导审批后，与被审查调查人进行事实材料见面。
- 如果被审查调查人对事实材料没有异议，要求其写出检讨反思材料。
立案并移送审理报批：
- 起草立案请示，明确由于本案案情简单，经初步核实已查清主要违纪违法事实，需要追究党纪政务责任，不再开展审查调查，将立案和移送审理一并报批。
- 列出相关法规依据，确保报批程序的合法性和合规性。
立案后及时履行宣布程序：
- 立案程序完成后，由两名以上审查调查人员向被审查调查人宣布立案决定。
- 向其所在单位等相关组织送达《立案通知书》，并向其所在单位主要负责人通报。
全部案卷材料移送审理：
- 在立案宣布程序完成后，及时将审查调查报告等材料和全部装订好的案卷证据移送案件审理室。
- 说明该案因案情简单，依照有关规定适用立案并移送审理程序的意见。
三、注意事项
必须履行的程序：
- 立案并移送审理程序带来的手续简化不是省略立案程序，仍需要履行立案报批程序。
- 不能因此降低立案标准，仅可省略立案后的审查调查工作环节。
严格执行审批权限规定：
- 精简程序并不意味着降低审批权限，各个环节的审批权限仍应严格按照监督执纪工作规则、监督执法工作规定相关要求执行。
- 对于同级党委管理的干部，立案和移送审理的审批权限不同，此时应当按照审批权限将立案和移送审理一并报同级党委主要负责人审批。
灵活把握适用规则：
- 如果在后续过程中出现新的证据导致案件事实不清，或者被审查调查人对主要违纪违法事实提出异议，需要进一步审查调查核实的，应当及时转化为普通程序立案办理。
- 已经适用立案并移送审理程序移送审理的，如果发现需要进一步审查调查，应当退回办案部门重新开展审查调查。
综上所述，当案件在立案后查清并确认符合事实时，我们应按照立案并移送审理的程序要求来处理，确保案件的合法性和合规性，同时提高办案效率和质量。